Lediga jobb som Bioinformatiker i Umeå

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 41 500 studenter och cirka 4 600 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.


Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.


Är du intresserad av att veta mer? https://www.umu.se/jobba-hos-oss/om-universitetet-som-arbetsplats/


Medicinska fakulteten är en av de största fakulteterna vid Umeå universitet och attraherar många studenter med ett omfattande utbud av utbildningar inom områdena medicin, tandvård, hälsa och vård. Vi erbjuder en väl utvecklad forskningsinfrastruktur och en inspirerande, dynamisk miljö med ledande forskning. Vår nära samverkan med de fyra regionerna i Norra sjukvårdsregionen ser vi som en stor ömsesidig tillgång för att utveckla forskning och utbildning och att säkra tillgången på vår framtids vårdpersonal.



Institutionen för klinisk mikrobiologi söker en postdoktor som ska arbeta med att utveckla nya analysmetoder för genomanalys.

Anställningen avser heltid under två år med tillträde 1:a maj 2026, eller enligt överenskommelse.

Projektbeskrivning
Du kommer vara baserad i Laura Carroll’s grupp (http://www.microbe.dev) och samarbeta nära med Johan Henriksson grupp (http://www.henlab.org). Laura Carrolls grupp är associerad med det nationella DDLS (Data-Driven Life Science; https://www.scilifelab.se/data-driven/) programmet. Syftet med projektet är att kombinera matematisk modellering av celler med storskalig analys av sekvenseringsdata, främst från nya sorters single-cell-metoder utvecklade i labbet, för att utföra datadriven analys.

Arbetsuppgifter
Du kommer arbeta i grupp samt självständigt för att formulera och testa nya matematiska/bioinformatiska modeller på data. Gruppen har ett antal ledtrådar till vilka modeller som troligen ger bra resultat men är även öppen för nya idéer. Gruppen använder ett flertal programmeringsspråk för implementation (R, Python, Rust) men eftersom du kommer jobba tillsammans med andra så förväntas du inte kunna alla aspekter; däremot kommer stor vikt läggas på vilka produktiva synergier du kan bidra till inom gruppen. Undervisning (max 20%) kan eventuellt ingå i tjänsten.

Kvalifikationer
För att anställas med stöd av avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i fysik. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

För att anställas med stöd av postdoktoravtalet bör främst den komma ifråga som har avlagt examen enligt föregående stycke för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Stor vikt läggs vid en personlig motivation för att arbeta med forskning. Du är välorganiserad och oberoende, men uppskattar också att arbeta tillsammans i en samarbetsmiljö. Förmåga att kunna uttrycka sig skriftligt och muntligt på engelska är ett krav. Personlig lämplighet kommer att bedömas i hög grad.

Kandidaten ska ha dokumenterad erfarenhet av följande:

- Programmering i Python
- Unsupervised machine learning inklusive minst ett ramverk för deep learning (t.ex. PyTorch)
- Matematisk modellering av biologiska system
- Analys av transkriptom eller närliggande modalitet

Vidare är det meriterande om kandidaten har erfarenhet av

- Analyser av andra former av NGS-data

Ansökan
En fullständig ansökan ska innehålla

- Personligt brev där du beskriver din erfarenhet av matematisk modellering av biologiska system, samt inkluderar en länk till din kod på GitHub eller motsvarande,
- Meritförteckning - CV med publikationslista,
- Styrkt kopia av doktorsexamensbevis eller dokumentation som styrker när doktorsexamen förväntas erhållas,
- Styrkta kopior av andra examensbevis, akademiska kursintyg och/eller betyg,
- Kopia av doktorsavhandling och maximalt 4 relevanta artiklar,
- Övriga handlingar som den sökande vill åberopa.
- Kontaktuppgifter till två vidtalade referenser.

Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska. Ansökan görs genom vårt elektroniska rekryteringssystem. Handlingar som skickas elektroniskt ska vara i formaten Word eller PDF. Logga in på systemet och ansök via knappen i slutet av denna sida. Sista ansökningsdag är 16 april 2026. Närmare upplysningar lämnas av Laura Carroll, mailto:[email protected]

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Umeå Plant Science Centre (UPSC) är ett av Europas starkaste forskningscentrum inom experimentell växtbiologi. Här har du tillgång till de senaste instrumenten och ett en miljö med mer än 200 växtforskare. Vår forskning spänner från biokemi och molekylärbiologi till fysiologi och ekosystem forskning https://www.upsc.se.



Senior Staff Scientist inom Bioinformatik 
Institutionen för fysiologisk botanik söker nu Senior Staff Scientist.

Anställningen är på heltid med start i februari, 2026, eller enligt överenskommelse.

SciLifeLab är ett nationellt forskningscenter för molekylära biovetenskaper. På SciLifeLab kretsar verksamheten kring life science – livsvetenskap – ett globalt viktigt forskningsfält som gör skillnad inom områden som hälsa, miljö och klimat. Vi har tagit ett nytt grepp. Vi flätar samman flera av de komponenter som behövs för att möta de samhällsutmaningar vi står inför: högteknologiska analysmetoder, hantering av stora mängder forskningsdata och tvärvetenskapliga samarbeten. Och eftersom vi gör det med ett nationellt uppdrag från regeringen samtidigt som vårt center drivs av fyra värduniversitet finns inget vinstintresse. Bara strävan att möjliggöra forskning som annars inte vore genomförbar i Sverige.

Institutionen för fysiologisk botanik bedriver avancerad utbildning och forskning inom molekylär växtbiologi och bioinformatik. Här finns även Umeå universitets bioinformatiska supportgrupp som stöds av SciLife samt Swedish Metabolomics Centre som stöder svenska och europeiska forskare inom bioinformatik och metabolomik. Vi utgör en del av Umeå Plant Science Centre (www.upsc.se) med cirka 250 anställda och stipendiater som är ett av Europas starkaste forskningscenter inom experimentell växtbiologi med över 30 aktiva forskargrupper inom områden från skogsekologi till bioinformatik. 

Beskrivning
SciLifeLab arbetar nationellt med att ge support och tillhandahålla utbildning inom teknologi och datadrivna livsvetenskaper, där en viktig komponent är det livslånga lärandet och kompetenshöjning av svenska forskare. Vi söker nu en senior Staff Scientist som kan leda infrastrukturgruppen inom SciLifeLab Training Hub, med målet att bygga digital infrastruktur och system för att stödja utbildning och lärande.

Arbetsuppgifter
- Leda Training Hubs arbete tillsammans med enhetens föreståndare (Head of Training) med fokus på att stödja SciLifeLabs plattformar i deras utbildningsinsatser och främja livslångt lärande inom livsvetenskaper
- Ansvarig för personalen inom utvecklarteamet, inklusive rekrytering, arbetsledning och uppföljning
- Ansvarig (Teknisk lead) för samtliga infrastrukturprojekt
- Budgetansvarig för enheten
- Tillsammans med föreståndare ansvarig för strategi och långsiktig utveckling av Training Hub
- Skriva nationella och internationella ansökningar tillsammans med europeiska partners
- Driva europeiska samarbetsprojekt inom vidareutbildning av forskare inom livsvetenskaper
- Ansvara för det dagliga arbetet samt uppföljning och rapportering angående personal och ekonomi
- Samverka med Data Driven Life Science, DDLS, programmet och DDLS forskarskola
- Utveckla nya kurser och undervisa inom pedagogik och FAIR.
- Koordinera den svenska nodens arbete inom europeiska samarbetsorganet för infrastrukturer inom livsvetenskaper, ELIXIR kopplat till utbildning av forskare

Kvalifikationskrav
För anställning som Senior Staff Scientist krävs doktorsexamen inom bioinformatik, medicin eller annat för anställningen relevant forskningsområde. Vidare krävs gedigen kunskap och omfattande erfarenhet inom bioinformatik samt mycket god kunskap om bakomliggande teorier och principer, samt särskild kompetens kopplad till utveckling och tillämpning av avancerade metoder inom bioinformatik. Vidare krävs erfarenhet av supportverksamhet inom bioinformatik riktad mot aktiva forskare inom livsvetenskaper. God kommunikativ förmåga på svenska och engelska krävs för anställningen.

För anställningen ska du även ha;

- Erfarenhet av etablering, utveckling och drift av forskningsinfrastruktur.
- Erfarenhet av kvalificerat lednings-/samordningsarbete med forskningsinfrastruktur, såsom arbetsledning, budgetarbete, koordinering, samverkan, rapportering och bidragssökande/finansieringsarbete.
Vidare är det meriterande att ha; 

- Vetenskaplig produktion och bidrag till utveckling av det vetenskapliga fältet, till exempel genom publikationer i välrenommerade vetenskapliga tidskrifter.
- Erfarenhet av att utveckla och ge utbildning, till exempel föreläsningar workshops och demonstrationer på olika utbildningsnivåer för olika grupper av mottagare.
- Erfarenhet av utåtriktad verksamhet, till exempel deltagande i och presentation vid konferenser, framtagning av vetenskapliga rapporter och presentationer, deltagande i nationella eller internationella nätverk eller populärvetenskapliga aktiviteter.

Ansökan
Du ansöker genom vårt e-rekryteringssystem Varbi senast den 30 december 2025. Din ansökan ska innehålla:

- Ett CV med din akademiska utbildning och tidigare anställningar.
- Lista över publikationer.
- Doktorsexamensbevis.
- Annan relevant dokumentation som du vill föra fram för att styrka din ansökan.

För ytterligare information kontakta Johannes Hanson, prefekt vid institutionen för fysiologisk botanik, [email protected]

 

Välkommen med din ansökan!

 

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik. Visa mindre

Totalförsvarets forskningsinstitut (FOI) är en statlig myndighet som bedriver världsledande forskning inom försvar och säkerhet till stöd för Sveriges militära och civila försvar. Forskningen spänner över flera områden, som exempelvis undervatten, cyberförsvar, rymd, telekrig, sensorsystem, civilt försvar, CBRNe (kemiska, biologiska, radiologiska, nukleära och explosiva ämnen), militära plattformar inklusive vapen och skydd samt säkerhetspolitiska analyser. FOI:s forskning spelar en nyckelroll i att bygga Sveriges försvarsförmåga.

Är du en bioinformatiker som trivs med att lösa problem? Vill du bidra till att utveckla totalförsvaret, och hantera olika problemställningar kopplade till biologiska hot i samverkan med andra forskare och aktörer?  Då kan FOI vara din nya arbetsplats! 

Om tjänsten

I rollen som forskare inom bioinformatik bidrar ditt arbete till att hantera komplexa problemställningar kopplat till skydd mot biologiska vapen. Arbetet bedrivs i projektform och syftar till att öka förståelsen om och skyddet mot biologiska hot. Verksamheten präglas av ett lärande samarbetsklimat där expertis inom olika kompetensgrupper samverkar.

Då moderna sekvenseringstekniker är i snabb utveckling ställs höga krav på att ständigt utveckla och anpassa våra analysmetoder. Denna tjänst innebär ett primärt ansvar att designa, bygga och optimera de underliggande systemen och programvarorna, särskilt med fokus på analys av patogena mikroorganismer. Arbetet bedrivs ofta i samarbete eller på uppdrag av andra totalförsvarsaktörer alternativt internationella samarbetspartners.

Exempel på arbetsuppgifter:

Utveckling, implementering och optimering av bioinformatiska programvaror och pipelines
Design och utformning av flöden för hantering och analys av stora mängder sekvenseringsdata
Utveckling av metoder för kvalitetssäkring av genererade data samt extrahering av relevant information
Bioinformatisk bearbetning och tolkning av sekvenseringsdata
Framtagande av metodbeskrivningar och publicering av vetenskapliga artiklar
Om enheten 

Du kommer att vara en del av Enheten för biologiska ämnen som tillhör avdelningen CBRN-skydd och säkerhet .  Vid enheten bedrivs forskning och utveckling för att stärka skyddet mot, och minska risken för eventuell användning av biologiska vapen. Analyser och bedömningar som görs av FOI bidrar till andra totalförsvarsaktörers utredningar och beslut. Arbetet som görs på enheten bidrar till att skapa FOIs förmåga som nationell expertkompetens kring frågeställningar som rör biologiska vapen och vi bedriver bred verksamhet inom hotbedömning, hotvärdering, identifiering av hot och skydd kopplat till biologiska vapen som stöd till svenskt totalförsvar och Sveriges internationella åtaganden inom området.

Läs gärna mer om vad vi gör:  CBRN-skydd och säkerhet . 

Stationeringsort för tjänsten är Umeå, resor inom och utanför landet ingår i tjänsten.

Har du den kompetensprofil vi behöver?

Krav

För denna tjänst söker vi dig som har:

Universitetsutbildning på forskarnivå (disputerad) inom bioinformatik, bioteknik eller annat område som arbetsgivaren bedömer likvärdig, alternativt 5-10 års dokumenterad yrkeserfarenhet av avancerad bioinformatisk systemutveckling
Dokumenterad erfarenhet av att självständigt utveckla, optimera och utforma pipelines i Nextflow eller Snakemake
Mycket goda kunskaper i programvaruutveckling och statistisk analys i Python eller R
God vana av arbete i Linux-miljö och versionshantering i Git
Mycket goda kunskaper i svenska och engelska i både tal och skrift
Som person är du analytisk, noggrann och har ett systematiskt arbetssätt. Du har intresse av att förstå och koppla dina resultat till ett praktiskt utfall ex. vid utredning av sjukdomsutbrott.

Du arbetar självständigt, tar initiativ och driver processer framåt. Samtidigt samarbetar du väl med andra och kan kommunicera komplex teknisk och bioinformatisk information på ett pedagogiskt sätt, även till personer med annan kompetensinriktning än din egen. Du trivs i en samarbetsinriktad miljö och motiveras av att arbeta med samhällsviktiga frågor i en föränderlig teknisk miljö.

Vi lägger stor vikt vid dina personliga egenskaper.

Meriterande

Det är meriterande om du har:

Erfarenhet av bioinformatisk analys av patogener (virus och bakterier), inklusive fylogenetisk analys och karakterisering
Erfarenhet av matematisk modellering, prediktiv analys och anomalidetektion (outlier detection) i komplexa dataset för att identifiera och karaktärisera antagonistiska biologiska hot
Kunskap inom mikrobiell forensik eller utbildning inom statistik och datavetenskap med tillämpning mot hotbedömning och bioforensiska frågeställningar
Vana att hantera och analysera sekvenseringsdata från IIIumina- och Oxford Nanopore-teknologierna
Erfarenhet av container-teknologier såsom Docker eller Singularity
Erfarenhet av arbete med högpresterande beräkningskluster (HPC)
Vad erbjuder vi dig?

Totalförsvarets forskningsinstitut (FOI) är en statlig myndighet som bedriver världsledande forskning inom försvar och säkerhet till stöd för Sveriges militära och civila försvar. Vi erbjuder en unik arbetsplats där du får möjlighet att arbeta med det som är viktigt för totalförsvaret och hela samhället. Forskningen tillämpas både inom försvarsmyndigheter och hos civila aktörer och spelar en avgörande roll i att bygga en relevant och effektiv försvarsförmåga.

Vi arbetar medvetet för en god arbetsmiljö med en bra balans mellan arbete och privatliv. Utöver detta erbjuder vi en rad förmåner. Läs mer om hur det är att jobba hos oss:  https://www.foi.se/jobba-hos-oss.html

Tjänsten är en tillsvidareanställning som kan komma att inledas med sex månaders provanställning.

Vill du vara med och söka svaren för en säkrare värld?

Välkommen med din ansökan i form av CV och personligt brev på svenska via ansökningsknappen senast den 2 april 2026!

För mer information om tjänsten är du välkommen att kontakta Hanna Lundgren. Fackliga företrädare är Sofia Jonasson (Saco-S) och Petrus Hemström (OFR/S – ST vid FOI) Samtliga nås på 08-555 030 00.

Säkerhetsprövning med registerkontroll kommer att genomföras före anställning enligt säkerhetsskyddslagen (2018:585). Svenskt medborgarskap krävs för tjänsten.

FOI är en myndighet varmed inlämnade ansökningshandlingar blir allmän handling som på begäran kan lämnas ut till utomstående enligt offentlighets- och sekretesslagen. Visa mindre

Staff Scientist inom bioinformatik och datavetenskap för infektionsbiologiforskning
Institutionen för fysiologisk botanik
Sista ansökningsdag: 2025-08-31

SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning.

SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab med noder över hela Sverige.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning för att utbilda och rekrytera nästa generations livsforskare och skapa starka och globalt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskare inom svensk livsvetenskap. Programmet syftar till att stärka  nationella samarbeten mellan universitet, forskningsmiljöer inom livsvetenskap och datavetenskap, samt mellan industri, hälso- och sjukvård och andra nationella och internationella intressenter.

Vi söker nu en kandidat med expertis inom maskininlärning, bioinformatik eller avancerade statistiska metoder, för att hjälpa till att utforska molekylära, bildanalys-, kliniska och/eller epidemiologiska data. Du kommer att tillämpa, anpassa och utveckla metoder för maskininlärning för att ge dataanalysstöd till datadrivna svenska forskningsprojekt av vetenskaplig excellens, samt stödja avancerad forskarutbildning i dataanalys på nationell nivå.

Som en del av vårt team kommer du att vara väl integrerad med bioinformatikplattformen vid SciLifeLab (National Bioinformatics Infrastructure Sweden, www.nbis.se), en unik nationell infrastruktur med över 120 experter som tillhandahåller avancerat bioinformatikstöd, infrastruktur och utbildning till svenska livsvetenskapsforskare, och deltar i internationella samarbeten.

Din framtida arbetsplats
Du kommer att arbeta vid en av de viktigaste bioinformatiska forskningsmiljöerna vid Umeå Universitet, med över 20 bioinformatiker som stödjer flera forskningsområden och är placerad vid institutionen för fysiologisk botanik. Arbetsplatsen är belägen mitt i Kemiskt Biologiskt Centrum (KBC), som är ett life science-nav med flera instrument och teknikplattformar, och även i närheten av flera nationella dataproducerande SciLifeLab-anläggningar. Umeå universitet har ett starkt nätverk inom infektionsbiologisk forskning med bland annat den nordiska EMBL-noden Laboratory for Molecular Infection Medicine Sweden (MIMS, www.umu.se/mims/). 

För mer information om att arbeta vid Umeå universitet: https://www.umu.se/jobba-hos-oss/.

Bioinformatikgruppen är verksam vid institutionen för fysiologisk botanik vid Umeå Plant Science Centre med totalt över 200 forskare i mer än 35 forskargrupper, (www.upsc.se). Du kommer att arbeta i en supportgrupp av bioinformatiker som både levererar expertanalyser till andra forskare och själva driver forskningsfältet framåt. 

Arbetsuppgifter
De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:

- Genomföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna forskningsprojekt inom livsvetenskap, med hjälp av toppmoderna beräkningsmetoder
- Utveckla och implementera nödvändiga verktyg och arbetsflöden för sådana analyser.
- Utbilda andra forskare i Sverige i avancerad dataanalys genom samarbete inom stödda projekt, avancerade nationella kurser och konsultationer.
- Delta i den kontinuerliga utvecklingen och förbättringen av bioinformatikplattformen, DDLS-programmet och SciLifeLab.

Kvalifikationskrav
Vi söker en mycket motiverad kandidat med gedigna färdigheter inom tillämpad bioinformatik, datavetenskap och/eller maskininlärning, för att tillhandahålla avancerat dataanalysstöd till svenska livsvetenskapsforskningsprojekt av vetenskaplig excellens. För anställning krävs följande kvalifikationer:

(i) Doktorsexamen i bioinformatik, datavetenskap, bioteknik, teknik, fysik, eller motsvarande.
(ii) Omfattande (3+ år) erfarenhet av att tillämpa och/eller utveckla avancerade metoder inom bioinformatik, datavetenskap eller maskininlärningsmetoder.
(iii) Programmeringskunskaper i Python.
(v) Mycket goda muntliga och skriftliga kommunikationsfärdigheter på engelska
(vi) Starka färdigheter inom samarbete och kommunikation

Ytterligare kvalifikationer
Relevanta postdoktorala studier eller likvärdig industriell erfarenhet är en stark merit men inte ett krav. Övriga starka meriter är erfarenhet inom en eller flera av följande:

- Forskning eller utveckling kopplad till infektionsbiologi, immunologi eller epidemiologi.
- Avancerad integrering av flera lager av molekylära dataset.
- Programmeringskunskaper i R och/eller andra programmeringsspråk för statistiska beräkningar och datavisualisering.
- Moderna ramverk för djupinlärning, såsom PyTorch eller Tensorflow och datavetenskapliga verktyg såsom Numpy, Pandas and Matplotlib

Erfarenhet av maskininlärningshanteringssystem, såväl som databaser och datatrukturer för stora datamängder är också meriterande. Centrala begrepp för oss är "Reproducerbar forskning" och "FAIR data", och expertis inom utveckling av reproducerbar kod genom att använda koddelningsplattformar, versionshantering, arbetsflödesspråk och containerlösningar är även det meriterande.

Anställningsvillkor
Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning upp till 6 månader kan komma att tillämpas. Startdatum enligt överenskommelse.

Ansökan
Din ansökan ska innehålla

- Ett personligt brev, max 2 sidor, inklusive en motivering till varför du vill ansluta dig till detta arbete
- CV med publikationslista
- Doktorsexamensbevis

Du ansöker via vårt rekryteringssystem Varbi. Sista ansökningsdag är 2025-08-31

Kontakt
Björn Nystedt, NBIS Support Manager, tel +46 18 471 44 13, [email protected]
Johan Trygg, UmU DDLS Data Science Node, tel +46 730 647 137, [email protected]
Johannes Hanson, prefekt vid institutionen för fysiologisk botanik, tel +46 722 243 283, [email protected] Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.


Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.


Är du intresserad av att veta mer? https://www.umu.se/jobba-hos-oss/om-universitetet-som-arbetsplats/




Staff scientist i bioinformatik
Umeå Plant Science Center (UPSC) är en av Europas starkaste forskningsmiljöer för grundläggande växtforskning (www.

upsc.se). Vårt gemensamma mål är att förstå växters anpassningsförmåga och acklimatisering till en föränderlig miljö.

Institutionen för fysiologisk botanik (www.umu.se/en/department-of-plant-physiology/), som är en av parterna i UPSC, söker en staff scientist som ska arbeta med metagenomiska data. Anställningen är tillsvidare med tillträde omgående eller enligt överenskommelse.

Projektbeskrivning och arbetsuppgifter
Anställningen innebär analys av olika typer av genomiska data som genereras av projekt från forskargrupper vid UPSC med tonvikt på populationsgenetik, metatranskriptomik, RNA-sekvensering av barrträdsarter samt metagenomiska data (främst amplicon). Arbetsuppgifterna kommer att sträcka sig från bearbetning av rådata och kvalitetskontroll till att arbeta tillsammans med forskargruppsmedlemmar för att underlätta tolkning inklusive visualisering av storskaliga data. Kandidaten kommer att arbeta med att dokumentera och skriva reproducerbar kod och använda versionskontrollsystem (till exempel git, github). Arbete tillsammans med forskargrupper kommer att ske under längre perioder där kandidaten förväntas bidra väsentligt genom att hjälpa till med analys och tolkning av projektdata.

Kvalifikationer
Vi söker en mycket motiverad och teamorienterad person med dokumenterad erfarenhet av eukaryot populationsgenetisk analys och jämförande genomik. Doktorsexamen i ett ämne som är relevant för anställningen, såsom populationsgenetik, bioinformatik eller växtmolekylärgenetik är ett krav. Kandidaten måste vara villig att lära sig nya färdigheter och tekniker beroende på behov för att säkerställa att de mest uppdaterade tillvägagångssätten och nuvarande bästa praxis används. Kunskap om att tillämpa en rad biostatistiska metoder är ett krav för anställningen, särskilt statistiska metoder relaterade till populationsgenetik. Dokumenterad förmåga att producera högkvalitativa och informativa visualiseringar av komplexa datamängder som lämpar sig för vetenskaplig publicering är ett krav. Dokumenterade färdigheter inom bioinformatik är också ett krav och kandidaten måste ha erfarenhet av att analysera omsekvenseringsdata i populationsskala och köra analyser med hjälp av högpresterande datorinfrastrukturer. Expertis inom rutinmässiga bioinformatiska uppgifter, inklusive en hög nivå av skicklighet i att använda en kommandoradstolk, är också ett krav. Därtill ska kandidaten ha dokumenterade kunskaper i R och Python samt mycket goda kunskaper i engelska både i tal och skrift. 

Erfarenhet av att bygga arbetsflöden i nextflow, snakemake eller liknande är mycket meriterande. Förtrogenhet med andra relevanta programmerings- eller skriptspråk är önskvärt, liksom kunskap av metoder för att utveckla resurser med öppen tillgång för datautforskning, så som användningen av Shiny. Det är också meriterande om kandidaten har dokumenterad erfarenhet av att driva projekt fram till vetenskaplig publicering.

Tidigare erfarenhet av att arbeta med växtarter med stora genom är meriterande. Detsamma gällande erfarenhet av att arbeta med metatranskriptomik eller RNA-sekvenseringsdata, liksom erfarenhet av metagenomisk analys.

Anställningsvillkor
Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning på upp till 6 månader kan tillämpas. Tillträde omgående eller enligt överenskommelse. 

Ansökan
Ansökan ska innehålla:

- Ett personligt brev där du beskriver dig själv, din tidigare relevanta forskningserfarenhet och varför du är kvalificerad för tjänsten (max 2 sidor).
- CV
- Vidimerade kopior av examensbevis för doktorsexamen
- En publikationslista inklusive en länk till din doktorsavhandling.
- Övriga handlingar du vill åberopa.

Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem Varbi. Ansök via knappen längst ner på sidan. Sista ansökningsdag är 16 maj 2025.

För mer information, vänligen kontakta professor Nathaniel Street, +46-(0)90-786 5473, [email protected].

 

Välkommen med din ansökan!

 

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.


Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.


Är du intresserad av att veta mer? https://www.umu.se/jobba-hos-oss/om-universitetet-som-arbetsplats/


Medicinska fakulteten är en av de största fakulteterna vid Umeå universitet och attraherar många studenter med ett omfattande utbud av utbildningar inom områdena medicin, tandvård, hälsa och vård. Vi erbjuder en väl utvecklad forskningsinfrastruktur och en inspirerande, dynamisk miljö med ledande forskning. Vår nära samverkan med de fyra regionerna i Norra sjukvårdsregionen ser vi som en stor ömsesidig tillgång för att utveckla forskning och utbildning och att säkra tillgången på vår framtids vårdpersonal.



Beskrivning

Umeå universitet är platsen för den banbrytande upptäckten av den genetiska saxen CRISPR-Cas9 - en revolution inom genteknik som har belönats med Nobelpriset i kemi.

Tjänsten som forskningsingenjör är placerad i professor Överbys forskargrupp. Forskargruppens fokus ligger på att förstå fästingburen encefalitvirus patogenes, frågeställningar som studeras är: hur virus tar sig in i hjärnan, vilket immunsvar som virus triggar och vilka virala och cellulära faktorer som bidrar till virustropism i hjärnan. Genom att använda olika cell kulturmodeller, musmodeller, helhjärne-avbildningstekniker samt transkriptomik och proteomik så besvaras dessa frågor.

Arbetsuppgifter

Institutionen för klinisk mikrobiologi, Umeå universitet, söker en forskningsingenjör inom bioinformatik. Den anställda kommer att vara aktiv i flera olika forskningsprojekt som avser att studera fästingvirus-värd interaktioner med RNA-transkriptomik framför allt från hjärnvävnad och primära hjärnceller.

Du kommer att ansvara för att bedriva den bioinformatiska analysen som en del av Överbys forskargrupp och i nära samarbete med olika medlemmar av forskargruppen.

Du kommer att:

- Analysera Parse singelcell RNA sekvenseringdata från hjärnceller.
- Analysera single nucli RNA sekvenseringdata för att designa paneler för spatial transkriptomik.
- Analysera samt visualisera spatial transkriptomik från infekterad mushjärna.
- Analysera och visualisera bulk RNA sekvenseringsdata.
- Samarbeta med olika personer i forskargruppen, delta i och bidra till vetenskapliga gruppmöten som involverar forskargruppen och dess medlemmar.
- Bidra till publicering av forskningsresultat. 



Kvalifikationer

Behörig att anställas som forskningsingenjör är den som har en kandidatexamen inom computational biology. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid den tidpunkt då beslut om anställning fattas.

Ett krav för anställningen är lång erfarenhet och skicklighet i programmering och statistiska analyser i R samt Phyton. Det vetenskapliga arbetet kräver god kännedom om single cell transkriptomics och bulk RNA analys samt förmåga att arbeta både självständigt och i grupp under ledning av gruppledaren.

Du som söker måste behärska flytande engelska i både tal och skrift samt ha en hög motivation gällande forskningsarbete. Eftersom projektet innebär samarbeten måste du också kunna arbeta produktivt i grupp. Utmärkta kommunikationsfärdigheter krävs för att effektivt kunna samarbeta med kollegor, inklusive kollegor från kompletterande forskningsområden. Du som söker måste också ha förmåga att självständigt analysera, utveckla metoder, utföra analyser och sammanfatta resultat.

Det förväntas att kandidaten har dokumenterat goda egenskaper för att arbeta i en grupp och med andra forskare. Du har också en strävan efter att utvecklas och ta till dig ny kunskap och metodologi inom till exempel virologi och spatial transkriptomik.

Meriterande 

Erfarenhet av bioinformatik analys av mus och humandata, CNS relaterad forskning och immuncells analys.

Erfarenhet av att undervisa och förmedla bioinformatikkunskap till andra.

Villkor

Anställningen är en tillsvidareanställning på heltid med 6 månaders provanställning. Tillträde enligt överenskommelse.

Ansökan ska innehålla:

- Personligt brev som visar kvalifikationer och motivation sammanfattat på en A4-sida CV inklusive publikationslista
- Publikationslista med relevant publikationer som är accepterade och ligger på preprint server
- Styrkt kopia av relevanta examensbevis
- Rekommendationsbrev och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner
- Övrig relevant information om din kompetens
Ansökan görs elektroniskt via Varbi, sista ansökningsdag är 2025-06-02

För ytterligare information, kontakta Anna Överby ([email protected])

Välkommen med din ansökan!

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.

Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi
Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC, https://www.upsc.se) som är ett kompetenscentrum för experimentell växtforskning och skogsbioteknik i norra Sverige. Vi vill göra excellent och innovativ grundforskning och skapa kunskap till nytta för skogsbruk, jordbruk, miljö och samhälle.

Swedish Metabolomics Center (SMC), en nationell plattform inom SciLifeLab, är beläget vid Umeå Plant Science Centre (UPSC) vid Umeå universitet. Ursprungligen etablerat med fokus på växtbaserad forskning, har SMC sedan dess utökat sin expertis till att omfatta en rad olika discipliner, inklusive medicinsk forskning. Under det senaste decenniet har centret framgångsrikt genomfört cirka 1 000 tjänstebaserade projekt och bidragit till hundratals vetenskapliga publikationer. SMC erbjuder avancerad masspektrometribaserad analys av metaboliter och lipider i biologiska vävnader och vätskor. Vårt uppdrag är att fungera som ett ledande kunskapscentrum inom metabolomik och relaterade discipliner.

Vid SMC kommer du att samarbeta med ett team av högt specialiserade experter och få tillgång till toppmoderna masspektrometriska instrument, inklusive GC-TOFMS, LC-QTOFMS, LC-TQMSMS och RF/SPE-IM-QTOFMS, vilket säkerställer avancerade analytiska möjligheter. Denna position är en del av Metabolomik Computational Group inom SciLifeLab och innebär samarbetsforskning med metabolomikplattformen vid Novo nordisk Foundation Centre for Basic Metabolic Research (CBMR), Köpenhamns universitet.

Bli en del av oss och bidra till utvecklingen av metabolomikområdet genom banbrytande forskning och samarbeten. 

Om jobbet
Vi söker en erfaren specialist inom bioinformatik, kemometri eller liknande områden för kemisk-analytisk databehandling. Projektet har ett särskilt fokus på metodutveckling inom metabolomik och masspektrometribaserad dataanalys, från förbehandling av instrumentdata till slutliga analysresultat. Målet är att vidareutveckla och effektivisera masspektrometribaserade tjänster, vilket både gynnar SMC’s verksamhet och bidrar till den globala forskningsgemenskapen.

Den primära målsättningen med projektet är att optimera och vidareutveckla metoder inom metabolomik, lipidomik och fluxomik, med syftet att göra dessa tjänster mer tillgängliga för forskarsamhället. SMC erbjuder ett brett utbud av tjänster för olika typer av prover och forskningsfrågor, vilket innebär att projektet erbjuder flexibilitet och möjligheter att hantera en mängd vetenskapliga utmaningar. Dessutom finns det en möjlighet att delta i större samarbetsprojekt inom SciLifeLab och CBMR, med fokus på våra gemensamma förbehandlingsmetoder och bredda vår service.

Din bakgrund 
Doktorsexamen i metabolomik, bioinformatik, kemometri eller inom relaterat område. God kunskap inom kombinerad kromatografi och masspektrometribaserad dataanalys är nödvändig. Erfarenhet av förbehandling av masspektrometridata är en fördel, inklusive praktisk erfarenhet av öppen källkod-programvara såsom XCMS, MzMine, MS-Dial och OpenMS, samt tillverkarspecifik programvara. Förmågan att självständigt genomföra dataanalys och presentera vetenskapliga slutsatser baserade på metabolomikdata på en internationellt konkurrenskraftig nivå är också önskvärd. Erfarenhet av programmering krävs, exempelvis i språk som MATLAB, Python eller R. Du bör ha ett starkt intresse för forskning och kunna arbeta både självständigt och kreativt. Utmärkta kommunikationsfärdigheter, både muntligt och skriftligt, på engelska är ett krav.

Anställningen är avsedd för en junior forskare och vi söker främst personer som avlagt doktorsexamen för högst tre år sedan. 

Om oss
UPSC består av två institutioner som tillhör två universitet; Sveriges lantbruksuniversitet och Umeå Universitet. Här arbetar cirka 200 personer av mer än 40 olika nationaliteter. Hos oss finns ett 30-tal gruppledare och våra forskare har tillgång till toppmoderna analysplattformar, unika resurser för t ex trädgenomik och växtodlingsanläggningar. Vi vill ha en miljö som främjar samarbete, och vi stöttar våra forskare i alla faser av karriären bl a genom utbildning och individuell karriärhandledning.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba vid SLU på https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Placering:
Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi, SLU, Umeå. 

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning 24 månader, med möjlighet till förlängning  

Omfattning:
100%

Tillträde:
Enligt överenskommelse.

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast 2024-02-28.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/

 


Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har en nyckelroll i utvecklingen för hållbart liv, grundad i vetenskap och utbildning. Genom vårt fokus på samspelen mellan människa, djur och ekosystem och ett ansvarsfullt brukande av naturresurserna bidrar vi till en hållbar samhällsutveckling och goda livsvillkor på vår planet. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden. Vi arbetar för en jämställd och inkluderande arbetsmiljö där öppna samtal mellan människor med olika erfarenheter lägger grunden för vetenskaplighet, kreativitet och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och perspektiv att söka den aktuella anställningen. Visa mindre

Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi
Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC, https://www.upsc.se) som är ett kompetenscentrum för experimentell växtforskning och skogsbioteknik i norra Sverige. UPSC vill göra excellent och innovativ grundforskning och skapa kunskap till nytta för skogsbruk, jordbruk, miljö och samhälle. Vi studerar växter från cellnivå upp till till ekofysiologi, samt från grundforskning till industriella tillämpningar. Vi försöker att förstå växters förmåga att växa, anpassa sig och acklimatisera sig till en föränderlig värld, kunskaper som kan leda till bättre växtsorter, odlingspraxis eller industriprocesser.

Vi söker nu en postdoktor för att bedriva forskning om barrträdsgenomik inklusive populationsgenomik.
Om jobbet
Att förstå den genomiska basen för populationsvariation och lokal anpassning baserat på genomsekvensering är ett nytt forskningsområde för genetisk anpassning till klimatförändringar. Du kommer att delta i genomikprojekt för barrträd, inklusive: (1) fenotypning och dataanalyser för adaptiva och ekonomiskt viktiga trädegenskaper; (2) populations- och jämförande genomikanalyser för att belysa barrträdens adaptiva evolution; (3) genomomfattande associationsstudie och genomiskt urval för kvantitativa egenskaper, inklusive fenologi, blommor, fast ved, tillväxt och adaptiva egenskaper.

Din bakgrund 
Vi söker en mycket motiverade och teamorienterade kandidat med gedigen erfarenhet av bioinformatik, dataanalys för kvantitativ genetik, populationsgenetik och genomik. För att kvalificera dig krävs en doktorsexamen i ämnen som är relevanta för tjänsten. Erfarenhet av trädgenomik är en fördel. Goda kommunikations- och skrivfärdigheter på engelska krävs. En anställning som postdoktor är avsedd för en forskare tidigt i karriären så därför söker vi främst personer som avlagt doktorsexamen för högst fem år sedan. 

Om oss
UPSC består av två institutioner som tillhör två universitet, Umeå universitet (https://www.umu.se/) och Sveriges lantbruksuniversitet (SLU; https://www.slu.se/). Här arbetar cirka 200 personer av mer än 40 olika nationaliteter. Hos oss finns ett 30-tal gruppledare och våra forskare har tillgång till toppmoderna analysplattformar, unika resurser för t ex trädgenomik och växtodlingsanläggningar. Vi vill ha en miljö som främjar samarbete, och vi stöttar våra forskare i alla faser av karriären bl a genom utbildning och individuell karriärhandledning.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba vid SLU på https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Placering:
Umeå

Anställningsform:
 

Tidsbegränsad anställning 12 månader

 

Omfattning:
100%

Tillträde:
2025-01-01 eller Enligt överenskommelse.

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast 2024-11-01.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/

 


Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har en nyckelroll i utvecklingen för hållbart liv, grundad i vetenskap och utbildning. Genom vårt fokus på samspelen mellan människa, djur och ekosystem och ett ansvarsfullt brukande av naturresurserna bidrar vi till en hållbar samhällsutveckling och goda livsvillkor på vår planet. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden. Vi arbetar för en jämställd och inkluderande arbetsmiljö där öppna samtal mellan människor med olika erfarenheter lägger grunden för vetenskaplighet, kreativitet och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och perspektiv att söka den aktuella anställningen. Visa mindre

Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi
The Department of Forest Genetics and Plant Physiology is part of Umeå Plant Science Centre (UPSC, https://www.upsc.se), which is a centre of excellence for experimental plant research and forest biotechnology in northern Sweden. We want to conduct excellent and innovative basic research and create knowledge for the benefit of forestry, agriculture, the environment and society.

The Swedish Metabolomics Center (SMC), a national platform within SciLifeLab, is seeking a highly motivated postdoctoral researcher specializing in bioinformatics and metabolomics. SMC supports researchers from Swedish universities by providing advanced mass spectrometry-based analysis of metabolites and lipids in biological tissues and fluids. Our goal is to be a leading knowledge hub in metabolomics and related disciplines. At SMC, you will work alongside a team of specialized personnel, utilizing state-of-the-art mass spectrometry instruments including GC-TOFMS, LC-QTOFMS, LC-TQMSMS, and RF/SPE-IM-QTOFMS. The position also involves collaborative research with the metabolomics platform at the Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research, University of Copenhagen. Join us in advancing the field of metabolomics through cutting-edge research and collaboration.

About the position
We are seeking an experienced specialist in bioinformatics, chemometrics, or a related field in chemical-analytical data processing. The project focuses specifically on method development in metabolomics and mass spectrometry-based data analysis, ranging from preprocessing of raw instrument data to final analysis results. The goal is to further develop and streamline mass spectrometry-based services, benefiting both SMC's operations and the global research community. The primary objective of the project is to optimize and advance methodologies in stable isotope-labeled metabolomics and fluxomics, with the aim of making these services more widely accessible to the research community. SMC provides a wide range of services for various types of samples and research questions, which means the project offers flexibility and opportunities to address diverse scientific challenges. Additionally, there is an opportunity to participate in larger collaborative projects within SciLifeLab, focusing on our shared preprocessing methodologies and service development.

Your profile
We are seeking a candidate with a Ph.D. in bioinformatics, chemometrics, metabolomics, or a related field. Extensive knowledge of chromatography and mass spectrometry is essential. Documented experience in programming is required. You should have a strong interest in research and be able to work both independently and creatively. Experience in preprocessing for mass spectrometry-based analysis is an advantage, including practical experience with open-source software such as XCMS, MzMine, MS-Dial, and OpenMS, as well as manufacturer-specific software. The ability to independently conduct data analysis and present scientific conclusions based on metabolomics data at an internationally competitive level is also desirable. Excellent communication skills, both spoken and written, in English are required.

The position is intended for a junior researcher and we are primarily looking for people who have completed their Ph.D. no more than three years ago.

About us
UPSC belongs to two universities, Umeå University (https://www.umu.se) and the Swedish University of Agricultural Sciences (SLU; https://www.slu.se). About 200 people from more than 40 different nationalities work here. We host some 30 principal investigators, and our researchers have access to state-of-the-art analytical platforms, unique tree germplasm resources and plant growth facilities. We strive for a collaborative work environment and support our scientists throughout all career stages by providing professional training opportunities and individual career mentoring.

Read more about our benefits and working at SLU by visiting: https://www.slu.se/en/about-slu/work-at-slu/

Location:
Department of Forest Genetics and Plant Physiology, SLU, Umeå.

Form of employment:
Temporary employment 24 months, with the possibility of extension.

Scope:
100%

Start date:
As agreed.

Application:
Please submit your application before deadline 26 September 2024. You can submit your application by clicking the button below.

Union representatives:
https://internt.slu.se/en/my-employment/employee-associations/kontaktpersoner-vid-rekrytering/

 


Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har en nyckelroll i utvecklingen för hållbart liv, grundad i vetenskap och utbildning. Genom vårt fokus på samspelen mellan människa, djur och ekosystem och ett ansvarsfullt brukande av naturresurserna bidrar vi till en hållbar samhällsutveckling och goda livsvillkor på vår planet. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden. Vi arbetar för en jämställd och inkluderande arbetsmiljö där öppna samtal mellan människor med olika erfarenheter lägger grunden för vetenskaplighet, kreativitet och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och perspektiv att söka den aktuella anställningen. Visa mindre

Staff Scientist inom Computational Metabolomik

Umeå Plant Science Centre (UPSC) är en av Europas starkaste forskningsmiljöer för växtgrundforskning och är värd för Swedish Metabolomics Centre (SMC; www.

swedishmetabolomicscentre.se). Forskning vid UPSC täcker ett brett spektrum av discipliner inom växternas ekologi, genetik, fysiologi, biokemi, cellbiologi och molekylärbiologi (se www.upsc.se). Till institutionen för fysiologisk botanik, som är en del av Umeå Plant Science Centre, söker vi nu en staff scientist.

Arbetsbeskrivning

Denna position är en del av vårt nationella supportteam av experter inom SciLifeLab Metabolomics Platform (www.scilifelab.se/services/) som erbjuder riktade och icke-riktade masspektrometribaserade mätningar av små molekyler, vilket återspeglar metaboliter och exponeringar, och tillgodoser forskare inom livsvetenskap och biomedicin. Anställningen är samfinansierad av National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS; https://nbis.se) som utgör Bioinformatics Platform vid SciLifeLab (www.scilifelab.se), en nationell resurs som tillhandahåller avancerade storskaliga tekniker och kunnande inom biovetenskaperna.

Vi utökar nu vår kapacitet att stödja livsvetenskapsforskare inom metabolomik för att omvandla komplexa data till meningsfulla biologiska och kemiska tolkningar. Du kommer att bli en del av en nationell ”Computational Metabolomics Group” ett samarbete mellan Metabolomics och NBIS-plattformarna. Arbetet kommer att erbjuda utmärkta möjligheter att utveckla färdigheter för att ta itu med applikationsdrivna datavetenskapliga och bioinformatiska utmaningar inom metabolomik och även hantera multi-omik integration.

Arbetsuppgifter 

Vi söker en expert inom kemometri, data science och/eller bioinformatikverktyg och deras tillämpningar i analysen av metabolomikdata samt integrativ omik. Du kommer att ansvara för att stödja användare av Metabolomics-plattformen i dataanalyser, avancerad datadriven modellering, maskininlärning, multivariat analys och andra statistiska metoder. Denna roll kommer att tillhandahålla nationellt stöd till Swedish Metabolomics Centre (SMC), Chalmers Mass Spectrometry Infrastructure (CMSI), Exposomics Platform och Swedish NMR Centre. Genom att samarbeta nära med svenska forskargrupper kommer du att erbjuda dataanalytiskt stöd över ett brett spektrum av studier under en "fee for service"-modell.

Komplexiteten i dataanalysen kommer att variera beroende på de forskningsfrågor som ska besvaras. Exempel på forskningsfrågor inkluderar att studera metabolisk påverkan i olika biologiska modellsystem för att producera specifika fenotyper, upptäcka metabolitbiomarkörer relaterade till sjukdomar, livsstil eller kemisk exponering samt att undersöka reglering av metaboliska vägar i relation till sjukdomsutfall i storskaliga kohortstudier. Ansvarsområden inkluderar att planera och genomföra analyser, kommunicera direkt med användare inom akademin och industrin, skriva och presentera resultat och rapporter samt hålla sig uppdaterad om aktuella utvecklingar inom området. Dessutom innebär arbetet att tillhandahålla avancerad bioinformatikutbildning till den svenska metabolomikforskningsgemenskapen.

Rollen som staff scientist kommer att innefatta regelbundna interna och externa möten och utbildningsmöjligheter, samt tid för professionell utveckling och möjligheten att lära av ett mångsidigt team av kollegor vid NBIS och SciLifeLab Metabolomics Platform. Arbetet kommer att inkludera vissa resor till andra svenska universitet eftersom kunskapsutbyte är en integrerad del av vår verksamhet. Aktiviteter för professionell utveckling kommer att fokusera på att odla spetskompetens för analys av nuvarande och framväxande datatyper.

Kvalifikationer

Krav för anställningen:

Doktorsexamen i bioinformatik, kemometri, metabolomik eller relaterade ämnen som arbetsgivaren anser vara relevanta för anställningen.
Erfarenhet av avancerad dataanalys och modellering, inklusive statistik och multivariat dataanalys, av metabolomikdata från högkapacitetsmetoder med tillämpningar inom livsvetenskap.
Stor förståelse och erfarenhet av att arbeta med masspektrometridata, inklusive biologisk tolkning av data för att förstå komplexa kemiska och biologiska system.
Förmåga att självständigt utföra dataanalys och vetenskaplig deduktion baserad på metabolomikdata.
Färdighet i ett skriptspråk som R, Python eller Matlab.
Utmärkta kommunikationsfärdigheter på både skriftlig och talad engelska samt förmåga att samarbeta med forskare från olika bakgrunder.

Meriterande kvalifikationer för anställningen:

Erfarenhet av avancerad integration av multi-omics data, såsom metabolomik, exposomik, proteomik, transkriptomik och mikrobiota.
Erfarenhet av att arbeta med bilddata (t.ex. masspektrometriavbildning, cryo-EM).
Expertis inom experimentdesign.

"Reproducible research" och "FAIR data" är centrala begrepp för oss, och expertis i utveckling av reproducerbar kod genom användning av koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk och containerslösningar är en stark merit. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet för anställningen, såsom förmågan att driva projekt och arbeta i en samarbetsinriktad men ändå serviceinriktad miljö. En vilja att lära sig nya metoder och snabbt förvärva nya färdigheter är viktigt för denna anställning. Hänsyn kommer att tas till hur sökandens erfarenhet och färdigheter kompletterar och stärker Computational Metabolomics Group och den vetenskapliga kunskapen inom NBIS och Metabolomicsplattformen i allmänhet.

Villkor

Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning 6 månader kan komma att tillämpas. Startdatum 2024-10-01 eller enligt överenskommelse. Umeå universitet tillämpar individuell lönesättning.

Ansökan

Ansökan ska innehålla:

Ett personligt brev där du beskriver dig själv och dina forskningsintressen samt varför du är intresserad av och lämpad för anställningen.
Curriculum vitae (CV) samt lista över publicerade vetenskapliga artiklar
Verifierade kopior av betyg och examensbevis
Övriga handlingar som den sökande vill åberopa


Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem Varbi. Logga in och ansök via knappen längst ner på webbsidan. Alla bifogade dokument ska vara i MS Word eller PDF format. 

Välkommen med din ansökan senast 2024-09-02.

För mer information, vänligen kontakta Kate Bennett ([email protected]) eller Johannes Hanson ([email protected]). Visa mindre

Department of Forest Genetics and Plant Physiology
The Department of forest genetics and plant physiology is part of Umeå Plant Science Centre (UPSC, https://www.upsc.se) which is a centre of excellence for experimental plant research and forest biotechnology in Northern Sweden. Our mission is to perform excellent and innovative basic research and generate knowledge that benefits forestry, agriculture, environment and society. We work across a wide range of disciplines in plant science reaching from cell biology to ecophysiology and from basic research to industrial applications. Our common goal is to understand the plants’ ability to grow, adapt and acclimate to a changing world and how we can breed better plants.
About the position
The employment is part of the project Genetic basis of adaptive response in conifers, which aims to understand the genetic basis of climate adaptation in conifers, and in an applied context, predict individuals that can make locally adapted populations more resistant to changing climates.

The research assistant will analyze a large spatially nested dataset of sequenced Norway Spruce (Picea abies) from across Europe for insights into the population dynamics of managed and natural populations. 

Your profile
The applicant must have a masters degree and experience in bioinformatic and population genetic analysis using reduced representation and whole genome sequence conifer data. The candidate must have very good knowledge of R and bash. Very good skills in written and spoken English is obligatory.

About us
UPSC belongs to two universities, the Swedish University of Agricultural Sciences and Umeå University. About 200 people from more than 40 different nationalities work here. We host some 30 principal investigators, and our researchers have access to state-of-the-art analytical platforms, unique tree germplasm resources and plant growth facilities. We strive for a collaborative work environment and support our scientists throughout all career stages by providing professional training opportunities and individual career mentoring.

Read more about our benefits and working at SLU by visiting: https://www.slu.se/en/about-slu/work-at-slu/

Location:
Department of Forest Genetics and Plant Physiology, SLU, Umeå (Sweden) 

Form of employment:
Fixed-term employment 12 months

Scope:
100%

Start date:
As agreed. 

Application:
Please submit your application before deadline 4 June 2024. You can submit your application by clicking the button below.

Union representatives:
https://internt.slu.se/en/my-employment/employee-associations/kontaktpersoner-vid-rekrytering/

 


The Swedish University of Agricultural Sciences (SLU) has a key role in the development for sustainable life, based on science and education. Through our focus on the interaction between humans, animals and ecosystems and the responsible use of natural resources, we contribute to sustainable societal development and good living conditions on our planet. Our main campuses are located in Alnarp, Umeå and Uppsala, however, the university also operates at research stations, experimental forests and teaching sites throughout Sweden.

SLU has around 3,000 employees, 5,000 students and doctoral students and a turnover of over SEK 3 billion. We are investing in attractive environments on all of our campuses. We strive to provide a work environment characterised by inclusivity and gender equality, where different experiences generate conversations between people and pave the way for science, creativity and development. Therefore, we welcome applications from people with diverse backgrounds and perspectives. Visa mindre

Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi
Institutionen för skoglig genetik och växyfysiologi är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC, https://www.upsc.se) som är ett kompetenscentrum för experimentell växtforskning och skogsbioteknik i norra Sverige. Umeå Plant Science Centre vill göra excellent och innovativ grundforskning och skapa kunskap till nytta för skogsbruk, jordbruk, miljö och samhälle. Vi studerar växter från cellnivå upp till till ekofysiologi, samt från grundforskning till industriella tillämpningar. Vi försöker att förstå växters förmåga att växa, anpassa sig och acklimatisera sig till en föränderlig värld, kunskaper som kan leda till bättre växtsorter, odlingspraxis eller industriprocesser.

För att stärka innovation inom biologisk produktion utgående från de senaste framstegen inom genomforskning finansierar Knut och Wallenbergs stiftelse (KAW) och Svensk Strategisk-stiftelsen har stött Postdoc-positioner. De kombinerade genomiska projekten riktar sig mot innovationer för olika trädslag och inkluderar genomsekvensering i barrträd och re-sekvensering för att identifiera genomutveckling, genomisk grund för observerad variation i fenotypiska egenskaper, GWAS för att detektera genomisk bas av observerad variation i adaptiva och ekonomiskt viktiga träddrag. En målsättning är tillämpning av genomiskt urval för genetisk förädling av olika trädslag. Vi söker postdocs för forskning inom genomisk vetenskap hos barrträd och genomisk urval i gran (Picea abies), och tall (Pinus sylvestris).

Om jobbet
Skapa förståelse av den genomiska grunden för egenskapers variation och ett urval baserat på genom-sekvensering är strategier som ligger i forskningsfronten för genetisk förbättring av djur och växter. Du deltar genomik-projekt med gran, tall och några kinesiska barrträd. Projekten inkluderar: (1) Fenotypning och dataanalyser för adaptiva och ekonomiskt viktiga trädegenskaper, (2) Genombildning för komplexa barrträdsgenom och jämförande genomik; (3) Genom-wide associeringsstudie och genomiskt urval för kvantitativa egenskaper inklusive fenologi, blommning, ved- och virkes- och massaegenskaper, och adaptiva egenskaper.

Din bakgrund 
Den sökande är välmotiverad och lagarbetsinriktad med erfarenheter inom ämnen som bioinformatik, statistik, datorprogrammering, kvantitativ genetik och/eller populationsgenetik. Doktorsexamen inom ett för tjänsten relevant ämne är ett krav liksom muntlig och skriftlig kommunikativ förmåga på engelska. Meriterande är ifall doktorsexamen är högst 5 år vid ansökningstidens utgång.

Om oss
UPSC består av två institutioner som tillhör två universitet, Sveriges lantbruksuniversitet och Umeå universitet. Här arbetar cirka 200 personer av mer än 40 olika nationaliteter. Hos oss finns ett 30-tal gruppledare och våra forskare har tillgång till toppmoderna analysplattformar, unika resurser för t ex trädgenomik och växtodlingsanläggningar. Vi vill ha en miljö som främjar samarbete, och vi stöttar våra forskare i alla faser av karriären bl a genom utbildning och individuell karriärhandledning.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba vid SLU på https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Placering:
Vid institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi, SLU, Umeå

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning 12 månader

Omfattning:
100%

Tillträde:
Enligt överenskommelse. 

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast 2024-06-04.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/

 


Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har en nyckelroll i utvecklingen för hållbart liv, grundad i vetenskap och utbildning. Genom vårt fokus på samspelen mellan människa, djur och ekosystem och ett ansvarsfullt brukande av naturresurserna bidrar vi till en hållbar samhällsutveckling och goda livsvillkor på vår planet. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden. Vi arbetar för en jämställd och inkluderande arbetsmiljö där öppna samtal mellan människor med olika erfarenheter lägger grunden för vetenskaplighet, kreativitet och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och perspektiv att söka den aktuella anställningen. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.


Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.


Är du intresserad av att veta mer? https://www.umu.se/jobba-hos-oss/om-universitetet-som-arbetsplats/


 


Medicinska fakulteten är platsen för forskning och utbildning inom vetenskapsområdet medicin. Här finns 12 grundutbildningsprogram, 13 institutioner och ett 80-tal ämnesinriktningar inom forskarutbildningen.



Första forskningsingenjör – Institutionen för medicinsk biovetenskap

Institutionen för medicinsk biovetenskap tillhör medicinska fakulteten vid Umeå universitet och bedriver forskning och undervisning inom ämnena Klinisk kemi, Medicinsk och klinisk genetik samt Patologi.

Institutionen har c:a 90 anställda. Vi utlyser en tillsvidareanställning som första forskningsingenjör i en forskargrupp som bedriver forskning om epigenetik och telomerbiologi i hematologiska maligniteter, samt bygger upp en Epigenetisk serviceplattform för DNA metyleringsanalys.

Anställningen är placerad i ”Translational Research Centre” i direkt kontakt med sjukhuset, medicinska biblioteket och tandläkarhögskolan.

Projektbeskrivning och arbetsuppgifterna
Forskningsprojektet syftar till att klarlägga interaktioner mellan genetiska, epigenetiska och transkriptionella förändringar vid uppkomst och progression av leukemi och lymfom, och utifrån dessa identifiera nya prognostiska biomarkörer och behandlingsmöjligheter. Arbetet involverar laborativt arbete samt statistiska och bioinformatiska analyser av storskaliga genom-, transkriptom- och epigenetik- data. Resultaten av forskningen kommer att sammanställas i vetenskapliga artiklar. Arbetsuppgifterna inom den epigenetiska plattformen innefattar planering, rådgivning, utbildning, dataanalys och uppbyggnad av denna infrastruktur. Fördelningen mellan forskningsprojektet och plattformen kan variera över tid.

Kompetenskrav
För behörighet krävs att du avlagt doktorsexamen inom cell- och molekylärbiologi eller biomedicin. Den sökande måste ha mycket goda kunskaper inom blodcancerområdet, epigenetik, telomerbiologi och cellbiologi. Dokumenterad erfarenhet av analys av storskaliga data från DNA metyleringsarrayer samt erfarenhet av att hantera RNA och/eller DNA sekvenseringsdata är ett krav. Vidare krävs erfarenhet av laborativt arbete med provhantering av biobankade prover. Du ska självständigt kunna analysera och sammanställa resultat med hjälp av programmering (R) och kunna sammanställa data och resultat i vetenskapliga publikationer på engelska. 

Mycket goda kunskaper i tal och skrift på engelska är ett krav. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom expertis inom forskningsområdet, flexibilitet, noggrannhet, driv och samarbetsförmåga.

Anställningsvillkor
Tjänsten är en tillsvidareanställning och avser heltid.  Tillträde från och med 1 januari 2024 eller enligt överenskommelse. Provanställning kan komma att tillämpas.

Läs gärna mer om institutionen här: https://www.umu.se/institutionen-for-medicinsk-biovetenskap/

Ansökningsförfarande
Ansökan ska innehålla

- Ett personligt brev som beskriver dina kvalifikationer och kompetensområden, forskningsintresse, samt lämplighet för projektet (max 2 sidor).
- En meritförteckning (CV) inkluderande datum för doktorsexamen, teknisk och bioinformatisk expertis, titel på avhandlingen och aktuell publikationslista.
- Kopior av betyg, examensbevis samt eventuella övriga meriter som sökanden vill åberopa.

I anställningsprocessen kan det bli aktuellt med referenstagning.

Upplysningar
Närmare upplysningar lämnas av docent Sofie Degerman, tel: +46 90 785 28 73,
e-post: [email protected].

Ansökan, skriven på svenska eller engelska och i word- eller pdf-format, skall göras via e-rekryteringssystemet Varbi och vara inkommen senast den 16 oktober 2023. 

Välkommen med din ansökan!

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Första forskningsingenjör: Maskininlärning i data-driven livsvetenskap
SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning.

SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab. De två huvudnoderna är placerade i Stockholm och Uppsala, men SciLifeLab har nationella faciliteter vid alla större svenska lärosäten.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling. Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap.

DDLS-programmet etablerar nu en nationell Data Science Node inom "Epidemiologi och Biologi av Infektioner" vid Umeå universitet med ett nationellt ansvar att utveckla datatjänster och tillhandahålla avancerat dataanalysstöd. Vi söker nu en kandidat för att hjälpa till att utforska molekylära, kliniska och/eller epidemiologiska data i forskningsprojekt som syftar till att öka vår förståelse för uppkomsten, prevalensen, spridningen och behandlingen av infektionssjukdomar. 

Data Science Node personalen kommer att vara väl integrerad med den lokala forskargruppen, men också kopplad till SciLifeLab Data Centre och Bioinformatikplattformen vid SciLifeLab (National Bioinformatics Infrastructure Sweden, NBIS), en unik nationell infrastruktur med över 120 experter, som tillhandahåller avancerat bioinformatikstöd, infrastruktur och utbildning till den svenska forskargruppen inom livsvetenskap och deltar i internationella samarbeten. 

Din framtida arbetsplats 
Institutionen för Fysiologisk botanik är värd för den största bioinformatiska sektionen vid Umeå universitet med över 20 bioinformatiker och den Svenska Metabolomikfaciliteten. Du kommer att arbeta i en stark grupp av bioinformatiker som både hjälper andra forskare med analys och utvecklar området själva. Bioinformatikgruppen arbetar med projekt inom alla områden av livsvetenskap. Institutionen är en del av Umeå Plant Science Centre med totalt över 200 forskare i mer än 35 forskargrupper och med stark, tvärvetenskaplig, samarbetsinriktad och expanderande forskning. Vi är också en stark partner i Kemiskt-Biologiskt Centrum (KBC), en knutpunkt för livsvetenskap som är värd för flera nationella instrument- och teknikplattformar. För mer information om att arbeta vid Umeå universitet: https://www.umu.se/jobba-hos-oss/.

Arbetsuppgifter
Du kommer att tillämpa, anpassa och utveckla metoder för maskininlärning för att tillhandahålla dataanalysstöd till datadrivna svenska forskningsprojekt av vetenskaplig excellens, samt vara en drivande kraft för avancerad dataanalysutbildning på doktorandnivå. De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:

- Genomföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna livsvetenskapsprojekt, med hjälp av moderna maskininlärningsverktyg tillämpade på storskaliga molekylära (omics), bildbehandlings-, kliniska och/eller epidemiologiska data.
- Utveckla och implementera nödvändiga verktyg och arbetsflöden för sådana analyser.
- Utbilda andra livsforskare i Sverige i avancerad dataanalys genom samarbete inom stödda projekt, avancerade nationella kurser och konsultationer.
- Delta i den kontinuerliga utvecklingen och förbättringen av DDLS-programmet, Data Science Noden och Bioinformatikplattformen vid SciLifeLab.

Kvalifikationskrav
Vi söker en mycket motiverad kandidat med starka färdigheter inom tillämpad AI/maskininlärning och avancerade statistiska metoder, för att tillhandahålla avancerat dataanalysstöd till svenska livsvetenskapsforskningsprojekt av vetenskaplig excellens. Kandidaten ska ha

(i) Doktorsexamen i bioteknik, teknik, fysik eller motsvarande.
(ii) Omfattande (3+ år) erfarenhet av att tillämpa och/eller utveckla avancerade AI eller maskininlärningsmetoder.
(iii) Programmeringskunskaper i Python, inklusive kunskap om vanliga data science-verktyg såsom Numpy, Pandas och Matplotlib, och versionskontroll med Git.
(iv) Erfarenhet av att använda moderna ramverk för djupinlärning (såsom PyTorch eller Tensorflow)
(v) Mycket goda muntliga och skriftliga kommunikationsfärdigheter på engelska
(vi) Starka färdigheter inom samarbete och kommunikation

Ytterligare kvalifikationer
Relevant postdoktorala studier eller industriell erfarenhet är en stark merit men inte ett krav. Erfarenhet av att arbeta med storskaliga livsvetenskapsdata är en stark merit. Erfarenhet av forskning eller utveckling kopplad till epidemiologi och/eller infektionsbiologi eller andra folkhälsofrågor är en stark merit. Erfarenhet av antingen maskininlärningshanteringssystem som Azure ML, maskininlärningsarbetsflödesmotorer som MLFlow/Airflow/Metaflow, eller datalagring, databaser och strukturer för stora datavolymer är också en merit. "Reproducerbar forskning" och "FAIR data" är centrala begrepp för oss, och expertis i utvecklingen av reproducerbar kod genom att använda koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk och containerlösningar är en merit.

Anställningsvillkor
Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning 6 månader kan komma att tillämpas. Startdatum 2023-10-01 eller enligt överenskommelse.

Ansökan
Din ansökan bör innehålla

- Ett personligt brev, max 2 sidor, inklusive en motivering till varför du vill ansluta dig till detta arbete
- CV med publikationslista
- Doktorsexamensbevis

Du ansöker via vårt rekryteringssystem Varbi. Sista ansökningsdag är 2023-08-23. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.


Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.


Är du intresserad av att veta mer? https://www.umu.se/jobba-hos-oss/om-universitetet-som-arbetsplats/


 




Postdoktor (2 år) inom jämförande genomik
En postdoktorsanställning utannonseras härmed vid Institutionen för fysiologisk botanik vid Umeå universitet, som är en del av Umeå Plant Science Center (se www.

upsc.se). Tjänsten finansieras av ett genomprojekt för gran och tall. 

Anställningen är på heltid under två år och ingår i Nathaniel Streets forskargrupp (http://streetlab.upsc.se). Anställningen kan tillträdas omgående eller enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter
Postdoktorn kommer att arbeta med bioinformatik i en gemensam forskningsmiljö vid Institutionen för fysiologisk botanik och i samarbete med forskargrupper vid SciLifeLab (Science for Life Laboratory), National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) och genomprojektets arbetsgrupp. Arbetet kommer att involvera analys av epigenetikdata och jämförande genomiska analyser inklusive av proteinkodande gener, icke-kodande RNA, pseudogener och repetitiva element (främst LTR) förutom allmän bioinformatisk analys och stöd. Det kommer att läggas tonvikt på kromatinkonformationens roll i genreglering och synteny och jämförande uttrycksanalyser med hjälp av RNA-Seq-data, vilket kommer att inkludera användningen av samuttrycksnätverk. Tillgängliga projektdata inkluderar Illumina RNA-Seq, PacBio Iso-Seq, Ribo-Seq, Hi-C, ATAC-Seq och DNA-metyleringsprofilering. Arbetsuppgifterna kommer att omfatta dataanalys, resultattolkning och att skriva original forskningspublikationer.

Kvalifikationer 
För att anställas med stöd av postdoktoravtalet krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

För att anställas med stöd av postdoktoravtalet bör främst den komma ifråga som har avlagt examen enligt föregående stycke för högst tre år sedan. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/ uppdrag. Postdoktor som ska undervisa eller handleda ska ha relevant högskolepedagogisk utbildning.

Doktorsexamen ska vara inom bioinformatik, molekylärbiologi, beräkningsbiologi, växtvetenskap eller motsvarande. 

Erfarenhet och kunskap av att implementera effektiva högpresterande klusterpipelines är ett krav och du måste vara kompetent i jobbschemaläggningssystem. Erfarenhet av komplext skript (i t.ex. python, bash etc.) krävs samt implementering av reproducerbara pipelines med hjälp av koddelningsplattformar (till exempel Git, som används flitigt i projektet). God muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska samt en vilja att lära sig nya färdigheter och att arbeta tillsammans med andra är också avgörande.

Meriterande kvalifikationer inkluderar erfarenhet av något av följande: analys av höggenomströmningssekvenserande genuttrycksdata, helgenomsekvensanpassning och syntenyanalys, analys av icke-kodande RNA och/eller pseudogener inklusive metoder för funktionell annotering, upprepad analys, differentiell uttrycksanalys, transkript/alternativ splitsning analys och samuttryck nätverk slutledning och analys. Vidare är skicklighet i R-programmering för dataanalys och visualisering önskvärt. Erfarenhet av att arbeta med växtarter, i synnerhet icke-modellarter, i synnerhet arter med stora genom, är även önskvärt. All utvecklad kod kommer att följa principen om öppen vetenskap och måste följa transparenta och reproducerbara forskningsprinciper. Exakta detaljer i analysen som ska utföras är flexibla och kan anpassas för att matcha den valda kandidatens kvalifikationer och intresse.

Ansökan
Ansökan skall innehålla: 

- CV.
- Ett personligt brev som innehåller en beskrivning av dig själv, dina tidigare relevanta forskningsprestationer, anledningen till att du söker denna tjänst samt länkar till demonstrerade exempel på implementerade verktyg och koder (max 2 sidor).
- Styrkt kopia av doktorsexamensbevis eller dokumentation som styrker när doktorsexamen förväntas erhållas.
- En lista över publikationer inklusive en länk till din doktorsavhandling.
- Vidimerade kopior av betyg och examensbevis.

Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska. Ansökan görs genom vårt elektroniska rekryteringssystem. Handlingar som skickas elektroniskt ska vara i formaten Word eller PDF. Ansök via knappen längst ner på sidan. Sista ansökningsdag är 2023-09-13.

Villkor
Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till två år. Tillträde enligt överenskommelse.

Kontakt
Vid frågor om anställningen, vänligen kontakta Dr Nathaniel Street, [email protected] eller +46-(0)70-322 0136.

Välkommen med din ansökan!

 

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.


Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.


Är du intresserad av att veta mer? https://www.umu.se/jobba-hos-oss/om-universitetet-som-arbetsplats/


 


Medicinska fakulteten är platsen för forskning och utbildning inom vetenskapsområdet medicin. Här finns 12 grundutbildningsprogram, 13 institutioner och ett 80-tal ämnesinriktningar inom forskarutbildningen.



Institutionen för odontologi består av ca 70 medarbetare och bedriver undervisning på tandhygienist-, tandläkar- och tandteknikerprogrammet samt bedriver odontologisk forskning.

Vi söker nu en Forskningsingenjör/bioinformatiker. Anställningen avser deltid (40%) och är begränsad till 4 månader med tillträde 1 september 2023.

Arbetsuppgifter
Arbetsuppgifterna består av bioinformatik med inriktning mot genetisk epidemiolog.

Arbetsuppgifterna består vidare av att analysera och sammanställa sekvensdata från genomvida sekvenseringar inom ett projekt som syftar till att identifiera genetiska variationer som associerar med sårbarhet eller motståndskraft mot tandsjukdomarna karies och tandlossning.

Kvalifikationer
Du som söker har utbildning i bioinformatik och/eller matematisk statistik och har erfarenhet av att hantera GWAS data. Meriterande är att ha erfarenhet av arbete med karies och/eller tandlossningsdata.

Du skall ha lägst motsvarande masterexamen med inriktning mot bioinformatik/statistik. God kommunikativ och administrativ förmåga, samt kunna tala och skriva flytande svenska och engelska.

Meriterande 
Meriterande är doktorsexamen med inriktning mot bioinformatik eller matematisk statistik, samt dokumenterad god kommunikativ och administrativ förmåga. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet, som samarbetsförmåga och förmåga att strukturera arbetet.

Villkor
Anställningen är en tidsbegränsad anställning på (40%) under 4 månader. Tillträde 2023-09-01. Den aktuella anställningsperioden avser höstterminen 2023.

Ansökan
Till ansökan bifogas:

- Personligt brev med kortfattad beskrivning av erfarenheter som gör dig lämpad för befattningen och varför du är intresserad av anställningen.
- Ett CV som beskriver akademisk utbildning och tidigare anställningar.
- Din publikationslista.
- Examensbevis och betygsutdrag från högskolestudier samt andra relevanta examina.
- Annan relevant dokumentation som du vill inkludera till stöd för din ansökan.
- Namn och kontaktinformation med e-postadresser för två akademiska referenser.

Ansökan ska göras via vårt e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast den 22 juni 2023. Ansökan ska vara skriven på svenska eller engelska.

Vid frågor är du välkommen att kontakta professor Ingegerd Johansson, https://umu.varbi.com/center/tool/position/634860/edit/tab:3/[email protected]

Välkommen med din ansökan!

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Första forskningsingenjör: AI/Maskininlärning med expertis inom infektionsbiologi
Institutionen för Fysiologisk Botanik

Sista ansökningsdag: 2023-03-23.

SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning. SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab. De två huvudnoderna är placerade i Stockholm och Uppsala, men SciLifeLab har nationella faciliteter vid alla större svenska lärosäten.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling. Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap.

DDLS-programmet etablerar nu en nationell nod inom epidemiologi och infektionsbiologi, vid Umeå universitet med ett nationellt ansvar för att utveckla datatjänster och tillhandahålla bioinformatikstöd. Nodens personal kommer att vara väl integrerad med den lokala forskningsmiljön, men också med SciLifeLabs bioinformatikplattform (NBIS), en unik nationell infrastruktur med över 100 medarbetare, som tillhandahåller avancerad support, infrastruktur och utbildning till svenska forskare inom livsvetenskap, samt deltar i internationella samarbeten.

Vi söker nu efter framstående kandidater med expertis inom AI, maskininlärning och statistiska metoder tillämpade i ett biologiskt sammanhang relaterat till infektionsbiologi med syfte att öka vår förståelse för uppkomsten, prevalensen och spridningen av infektionssjukdomar. Som första forskningsingenjör inom tillämpad maskininlärning kommer du att tillämpa, anpassa och utveckla metoder för maskininlärning för att ge dataanalysstöd till datadrivna svenska forskningsprojekt av vetenskaplig excellens samt vara en drivkraft för avancerad forskarutbildning i dataanalys på nationell nivå.

Din framtida arbetsplats
Institutionen för fysiologisk botanik huserar Umeås största grupp av bioinformatiker med mer än 20 bioinformatiker samt Swedish Metabolomic Centre. Du kommer att arbeta i en grupp av forskare som både hjälper andra med analys och utvecklar egna metoder som del av sin forskning. Bioinformatik avdelningen är arbetar med projekt från alla delar av life science. 

Institutionen är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC) med över 200 anställda i mer än 35 forskargrupper Det är en av Umeås starkaste forskningsmiljöer med multidisciplinär, samarbetsvillig och expanderande forskning. Vi är även en del av Kemiskt-Biologiskt centrum (KBC), ett life science nav i Umeå med flera nationella plattformar för instrumentering. För mer info om hur det är att arbeta vid Umeå Universitet: https://www.umu.se/jobba-hos-oss/.

Huvudsakliga arbetsuppgifter
De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:

-  Utföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna projekt.
- Utveckla och implementera nödvändiga verktyg och arbetsflöden för sådana analyser
- Lära ut bioinformatik till andra forskare genom att samarbeta inom projekt, stödja på avancerade nationella kurser och delta i konsultationer.
- Engagera sig i den kontinuerliga utvecklingen och förbättringen av DDLS-programmet och dess Data Science Node med inriktning mot infektionsbiologi.

Kvalifikationskrav
Vi söker en motiverad kandidat med stark kompetens inom AI/maskininlärning och statistiska modelleringsmetoder med ett genuint intresse för infektionsbiologi. Den framgångsrika kandidaten ska ha

(i) Ph.D. inom bioteknik, biologi, kemi eller motsvarande [SF1] 
(ii) Omfattande (3+ års) erfarenhet av att tillämpa avancerad AI eller maskininlärningsmetoder inom data driven life science eller relevant biologiskt sammanhang.
(iii) Stark programmeringskunskap i Python, inklusive kunskap om Numpy, Pandas och Matplotlib, och versionskontroll med Git.
(iv) Erfarenhet av att använda moderna ramverk för djupinlärning (som PyTorch eller Tensorflow)
(v) Erfarenhet av att arbeta med verkliga storskaliga biovetenskapliga data 
(vi) Mycket god muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska
(vii) Starka färdigheter i samarbete och kommunikation

Ytterligare kvalifikationer
Postdoktorala studier är en stark merit men inte ett krav. Erfarenhet av avancerade bioinformatiska studier av immunsystemet, storskaliga molekylära studier av värd-patogen-interaktioner, eller storskaliga mikrobiella studier är av särskilt intresse. Starka kunskaper inom experimentell design samt mjukvaruutveckling är också meriterande. "Reproducerbar forskning" och "FAIR-data" är centrala begrepp för oss, och expertis inom utveckling av reproducerbar kod genom att använda koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk och containerlösningar är en stark merit.

Anställningsform
Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning kan komma att tillämpas. Tillträde 2023-05-01 eller enligt överenskommelse.

Ansökan
Din ansökan ska innehålla

- Ett personligt brev, max 2 sidor, inklusive motivering till varför du söker anställningen.
- CV med publikationslista.
- Kopia av doktorsexamensbevis

Ansökan ska göras via e-rekryteringssystemet Varbi och vara inkommen senast 2023-03-23.

Kontakt
Björn Nystedt, NBIS Support Manager, tel +46 18 471 44 13, [email protected]
Johan Trygg, UmU DDLS Data Science Node, tel +46 730 647 137, [email protected]
Johannes Hanson, Inst. fysiologisk botanik, tel +46 722 243 283, [email protected]

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.


Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.


Är du intresserad av att veta mer? https://www.umu.se/jobba-hos-oss/om-universitetet-som-arbetsplats/


 


Medicinska fakulteten är platsen för forskning och utbildning inom vetenskapsområdet medicin. Här finns 12 grundutbildningsprogram, 13 institutioner och ett 80-tal ämnesinriktningar inom forskarutbildningen.



Vi söker dig som vill bidra till forskning om hjärnans sjukdomar.

Du kommer att arbeta i en grupp som bedriver forskning om sjukdomarna Parkinsons sjukdom och andra alfa-synukleinopatisjukdomar i hjärnan, till exempel multipel systematrofi (MSA) och demens med Lewykroppar (DLB). Forskargruppen består f n av 5-7 personer i samarbeten som går över institutionsgränserna inom Umeå Universitet, i samarbete med avdelningarna för Neurologi, Patologi, Bild och Funktionsmedicin inom Norrlands universitetssjukhus (NUS), samt institutionen för Psykologi vid Umeå universitet. Inom gruppen finns idag en doktorand, en forskningssjuksköterska och ett flertal anknutna forskare och studenter. Du kommer under 2023 att arbeta under handledning men med viss självständighet med forskningen.

Vår forskning spänner från kliniska patientstudier, till studier som involverar uppgifter om ryggmärgsvätska, genetik och livsstilsfaktorer hos patienter, ner till transgena djurmodeller och molekylärgenetiska och proteinbiokemiska aspekter av Parkinsons sjukdom och andra alfa-synukleinopatisjukdomar. Stort fokus ligger på studier av genetik och livsstilsfaktorer hos personer som drabbas av dessa i nuläget obotliga sjukdomar, för att förstå vad som orsakar dem. Denna forskning bedrivs både med hjälp av stora databaser med uppgifter om patienter och molekylärbiologiska uppgifter som samlats in på plats, lokalt i Umeå och Västerbotten, men också i samarbete med flera internationella forskargrupper, vilket gör att ny kunskap kan säkras genom ett stort antal observationer från olika geografiska regioner. 

Vi söker nu en person med utbildning inom statistik, databearbetning, biologi och/eller bioinformatik eller som är forskningsingenjör som kan stärka vårt team.

 

Arbetsuppgifter

Vi erbjuder ett stimulerande och intressant arbete där du kommer att verka tillsammans med forskarstuderande och anknutna forskare inom olika forskningsprojekt. Arbetsuppgifterna utgörs främst av dataanalys av befintliga hälsouppgifter, riskfaktorer, genetikdata och i viss mån skrivande av forskningsrapporter. Du kommer arbeta mest med statistik, databearbetning, bioinformatik för att undersöka hur genetik och livsstilsfaktorer samspelar vid uppkomsten av Parkinsons sjukdom och andra alfa-synukleinopatisjukdomar. Arbetet kan innefatta att tillsammans med forskare bistå i att utveckla av nya och befintliga metoder för dataanalys, samt i mindre mån även rutinarbete med provsamlingar från patienter.

Arbetet innefattar främst beräkningar, resultatsammanställningar samt dokumentation och presentation av ditt arbete för dina kollegor samt i rapporter i internationella tidskrifter. Metoder omfattar analys av genetiska data, analys av hälsodata och proteinbiokemi med hjälp av statistiska program, till exempel SPSS, R eller liknande programmeringsspråk. Använda statistiska metoder är överlevnadsanalys, regressionsanalys, och andra analyser av samband mellan hjärnsjukdomen och olika hälsodata.

 

Kvalifikationer

Statistiker, Ingenjörsutbildning med inriktning mot/ erfarenhet av bioinformatik, Läkarprogrammet, Biomedicinprogrammet eller annan utbildning som bedöms som likvärdig av arbetsgivaren.

Vi söker dig som har ett intresse för forskning och ser gärna tidigare erfarenhet av statistisk bearbetning av data, till exempel analys av genetiska data, hälsodata och proteinbiokemi med hjälp av statistiska program. 

Meriterande kvalifikationer är erfarenhet inom statistisk analys av hälsodata, genetiska data och proteinbiokemi samt studier av sjukdom, särskilt hjärnans sjukdomar. Arbetet ställer krav på god samarbetsförmåga, kreativitet, initiativförmåga, flexibilitet och en förmåga att kunna planera och arbeta självständigt, samt goda förmågor till skriftliga framställningar på engelska. Som person är du noggrann, ansvarskännande, metodisk samt serviceinriktad i ditt arbete. Du har god förmåga att kommunicera både muntligt och skriftligt. Att du kan uttrycka dig väl i tal och skrift på både svenska och engelska, samt har god datorvana är ett krav.

Stor vikt kommer att läggas på personlig lämplighet.

Tillsättning enligt överenskommelse, 11 månaders visstidsanställning.

 

Ansökan

Ansökan ska innehålla:

- En kort beskrivning av forskningsintressen och exempel på om du har jobbat med någonting liknande tidigare. Bifoga gärna även en kort motivering till varför du är intresserad av anställningen.
- CV
- Examensbevis från forskarutbildning samt andra relevanta examina
- Kontaktinformation till två referenspersoner

 

Närmare upplysningar lämnas av David Bäckström,

[email protected]

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Första forskningsingenjör: Bioinformatiker med erfarenhet av infektionsbiologi
SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning.

SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab. De två huvudnoderna är placerade i Stockholm och Uppsala, men SciLifeLab har nationella faciliteter vid alla större svenska lärosäten.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling. Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap.

DDLS-programmet etablerar nu en nationell nod inom epidemiologi och infektionsbiologi, vid Umeå universitet med ett nationellt ansvar för att utveckla datatjänster och tillhandahålla bioinformatikstöd. Nodens personal kommer att vara väl integrerad med den lokala forskningsmiljön, men också med SciLifeLabs bioinformatikplattform (NBIS), en unik nationell infrastruktur med över 100 medarbetare, som tillhandahåller avancerad support, infrastruktur och utbildning till svenska forskare inom livsvetenskap, samt deltar i internationella samarbeten. Vi söker nu framstående kandidater med kompetens i storskaliga kliniska och molekylära dataanalyser för att tillhandahålla avancerat bioinformatikstöd till utvalda data-drivna projekt med vetenskaplig excellens. Ditt arbete kommer att omfatta dataanalys och vetenskaplig slutledning på en internationellt konkurrenskraftig nivå, samt att genomföra bioinformatisk träning på doktorandnivå. 

Vi söker nu en bioinformatiker med erfarenhet av storskaliga molekylära forskningsprojekt i immunologi, system för interaktion mellan patogen-värd, eller andra relevanta studier relaterade till infektionsbiologi. Tekniska kompetenser av särskilt intresse är analys av encells- och spatial-omics data, multi-omics integrering, samt genomik och metagenomik av mikroorganismer.
  

Din framtida arbetsplats
Institutionen för fysiologisk botanik huserar Umeås största grupp av bioinformatiker med mer än 20 bioinformatiker samt Swedish Metabolomic Centre. Du kommer att arbeta i en grupp av forskare som både hjälper andra med analys och utvecklar egna metoder som del av sin forskning. Bioinformatikavdelningen arbetar med projekt från alla delar av life science. 

Institutionen är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC) med över 200 anställda i mer än 35 forskargrupper. Det är en av Umeås starkaste forskningsmiljöer med multidisciplinär, samarbetsvillig och expanderande forskning. Vi är även en del av Kemiskt-Biologiskt centrum (KBC), ett life science nav i Umeå med flera nationella plattformar för instrumentering. För mer info om hur det är att arbeta vid Umeå Universitet: https://www.umu.se/jobba-hos-oss/.



Huvudsakliga arbetsuppgifter
De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:

- Utföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna projekt.
- Potentiellt utveckla verktyg och arbetsflöden för sådana analyser
- Lära ut bioinformatik till andra forskare genom att samarbeta inom projekt, stödja på avancerade nationella kurser och delta i konsultationer.
- Bidra till den löpande utvecklingen av DDLS-programmet och SciLifeLabs bioinformatikplattform på en nationell nivå.


Kvalifikationskrav
Vi söker en mycket motiverad första forskningsingenjör med en stark bakgrund och intresse för epidemiologi och infektionsbiologi. Kandidaten ska ha

(i) doktorsexamen inom bioinformatik eller datavetenskap, eller motsvarande 

(ii) omfattande (5+ års) erfarenhet av att utföra avancerade vetenskapliga analyser på storskaliga datamängder, och förmåga att utföra storskalig molekylär dataanalys och vetenskaplig slutledning på en internationellt konkurrenskraftig nivå

(iii) färdigheter i terminalbaserat arbete i en Linux-miljö och avancerad skriptning i ett relevant skriptspråk (t.ex. Python, Perl eller R)

(iv) mycket god muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska, och

(v) starka färdigheter i samarbete och kommunikation.



Ytterligare kvalifikationer
Postdoktorala studier är en stark merit men inte ett krav. Erfarenhet av avancerade bioinformatiska studier av immunsystemet, storskaliga molekylära studier av värd-patogen-interaktioner, eller storskaliga mikrobiella studier är av särskilt intresse. Starka kunskaper inom experimentell design samt mjukvaruutveckling är också meriterande. "Reproducerbar forskning" och "FAIR-data" är centrala begrepp för oss, och expertis inom utveckling av reproducerbar kod genom att använda koddelningsplattformar, arbetsflödesspråk och containerlösningar är en stark merit.


Ansökan
Din ansökan ska innehålla

- Ett personligt brev, max 2 sidor, inklusive motivering till varför du söker tjänsten
- CV med publikationslista
- Kopia av doktorsexamensbevis
 

Ansökan ska göras via e-rekryteringssystemet Varbi och sista ansökningsdag är 2023-03-23.



Anställningsform
Anställningen är på heltid och tillsvidare. Provanställning kan komma att tillämpas. Tillträde 2023-05-01 eller enligt överenskommelse.

 

Kontakt
Björn Nystedt, NBIS Support Manager, tel +46 18 471 44 13, [email protected]

Johan Trygg, UmU DDLS Data Science Node, tel +46 730 647 137, [email protected]

Johannes Hanson, Inst. fysiologisk botanik, tel +46 722 243 283, [email protected]

 

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi.


Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar. Är du intresserad av att veta mer om Umeå universitet som arbetsplats läs mer https://www.umu.se/jobba-hos-oss/




Forskningsingenjör till Institutionen för fysiologisk botanik 
Projektets namn
Bioinformatiker till UPSCs Bioinformatikplattform


Finansiering
Bioinformatikplattform (50%) & KAW barrträdsgenom projekt (50%)


Beskrivning av arbetsuppgifter
Umeå Plant Science Centre (UPSC) är världsledande inom växtfysiologi och skogsgenetik, där forskningen producerar stora mängder data som kräver bioinformatiska resurser och mjukvaror för analys.

I din roll på UPSC:s bioinformatikplattform kommer du att ge stöd och service inom bioinformatik till forskargrupper och delta i olika typer av projekt.

Arbetsuppgifterna omfattar analys av High Throughput Sequencing (i huvudsak RNA-seq) data – det vill säga användning av vår pipeline för dataförbehandling, kvalitetskontroll, resultatframställning och presentation. I vissa fall blir du mer delaktig i vissa forskningsprojekt, till exempel genom att vid analysen samarbeta med forskare med mindre bioinformatikkompetens. I arbetsuppgifterna ingår också att utveckla pipelines för analys av NGS data, liknande vår RNA-Seq pipeline, med hjälp av nextflow, men också att utveckla machine learning. Du kommer att hjälpa biologer med att till exempel söka sekvenshomologer, annotera gener, utföra ”genome enrichment” analyser samt att hålla dig uppdaterad med de senaste teknikerna inom programvaror och verktyg. 


Kompetenskrav
Mastersexamen inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller motsvarande krävs. Du är väl bekant med Unix/Linux och minst ett programmeringsspråk såsom Python, R, C eller C++. God samarbetsförmåga samt mycket goda kunskaper i engelska krävs. Du måste vidare ha mycket god förmåga att självständigt organisera och rapportera arbetet.


Övriga önskvärda kvalifikationer
Erfarenhet av NGS teknik, särskilt RNA-Seq och proteomik, samt kunskap inom datavetenskap och statistik är meriterande.


Villkor
Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till och med 2023-06-30. Tillträde 2023-01-02 eller enligt överenskommelse.


Ansökan
Ansökan skall innehålla (1) ett personligt brev (2) CV med full publikationslista och kopior på relevanta examen. 
 
Ansökan ska göras via e-rekryteringssystemet Varbi och vara inkommen senast 2022-11-24

För mer information var vänlig kontakta plattformsansvarig Dr. Nicolas Delhomme, [email protected] alternativt Dr. Nathaniel Street [email protected]   

 

Välkommen med din ansökan!

                                                                          

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

https://www.

umu.se/institutionen-for-stralningsvetenskaper/ är forskningsmässigt en dynamisk och internationellt framgångsrik miljö inom radiologi, onkologi, kognitiv neurovetenskap, strålningsfysik och biomedicinsk teknik. Institutionen tillhör Medicinska fakulteten vid Umeå universitet.

Institutionen för strålningsvetenskaper välkomnar ansökningar om postdoktorala studier i artificiell intelligens inom vården. Anställningen avser två år på heltid med start enligt överenskommelse.

Projektet
Framsteg inom artificiell intelligens (AI) har möjlighet att avsevärt bidra till att förbättra patientbehandlingar, i riktning mot personlig och prediktiv medicin. Djupinlärning har visat sin potential inom många områden, inklusive hälso- och sjukvård, drivet av omfattande forskning av nya kvantitativa biomarkörer beräknade från medicinska data som redan samlats in i klinisk praxis. De flesta av AI-modellerna tar dock endast hänsyn till unimodal data.  Det är troligt att den sammanvägda informationsmängden från flera datatyper, såsom bilder, molekylära biomarkörer, kliniska data och elektroniska hälsojournaler (EHR), kan förbättra den prediktiva förmågan hos modellerna. Inom detta projekt är vi intresserade av att studera multimodalt djupinlärning samt att förklara de beslut som fattas, två områden av stort intresse men fortfarande i sin linda. I synnerhet, inom multimodal djupinlärning strävar vi efter att ta itu med öppna vetenskapliga frågor, dvs. vilka modaliteter som är användbara, hur man sammanfogar dem, hur man i träningen integrerar varje process så att modellen kan lära sig mer kraftfulla datarepresentationer, och hantering av missing data. För multimodala modeller finns pga av komplexiteten ett påtagligt behov av att hjälpa läkare, tillsynsmyndigheter och patienter förstå på vilka grunder som AI-modellen baserat sina beslut och därmed skapa förtroende. De ansträngningar inom multimodala förklaringar som finns i litteraturen har dock riktats mot datorseende och naturliga språktillämpningar, multimodala förklaringar helt saknas inom vården. Detta projekt tar därför upp denna utmaning, särskilt med fokus på pre-modellering, under modellering och post-hoc modellering förklaringar på lokal nivå.

Dessa ämnen kommer att tillämpas på sanna data som samlats in i samband med precisionsonkologi, t.ex. vid lungcancer, där prognosvariabiliteten, på grund av interpatient-, intertumör- och intratumörheterogenitet, är en utmaning. Därför behövs bättre prognostiska och prediktiva verktyg för att skräddarsy behandlingsbeslut för cancerpatienter för att maximera resultatet och minimera onödiga biverkningar. För detta ändamål kommer multimodal djupinlärning och multimodala förklaringar att hjälpa oss att upptäcka nya kvantitativa biomarkörer från de heterogena digitala patientfenotyperna som rutinmässigt samlas in i klinik och som vi redan har samlat in i tidigare forskningsprojekt.

Arbetsuppgifter
Postdoktorn kommer att designa och implementera multimodala lärandealgoritmer, designa och implementera metoder för att ge förklaringar till de beslut som fattas, och anpassa och förbättra befintliga algoritmer och metoder. Postdoktorn kommer att bidra till datainsamling, underhålla data och kontrollera deras kvalitet, förbereda och analysera forskningsdata, föra loggbok som sammanfattar experiment, använda grafik och all användbar programvara för att analysera och presentera data, förbereda vetenskapliga manuskript för inlämning till internationella konferenser och peer-reviewed tidskrifter, delta i projektmöten och konferenser. Genom att arbeta i en levande och spännande miljö kommer postdoktorn också att vara medhandledare för doktorander och masterstudenter som arbetar med forskningsprojekt.

Behörighet
Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen inom områdena artificiell intelligens, maskininlärning, datavetenskap, biomedicinsk teknik. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast den tidpunkt då anställningsbeslutet fattas.

Den sökandes examen, eller genom kompletterande utbildning, bör ha en inriktning som inkluderar, och helst kombinerar, datavetenskap med AI eller maskininlärningsfokus.

Den idealiska kandidaten har en bakgrund inom djupinlärning och maskininlärning, har erfarenhet av 1D, 2D, 3D medicinsk data, såsom bilder, samt med tabelldata, kan skriva och/eller kritiskt granska ett vetenskapligt manuskript med hög grad av autonomi.

Tidigare erfarenhet av multimodalt lärande samt med förklarande AI-tekniker är mycket välkommet.

Övriga kvalifikationer
Eftersom anställning som postdoktor är en karriärutvecklingsanställning för yngre forskare, är vi i första hand intresserade av sökande som avlagt sin doktorsexamen senast tre år före sista ansökningsdag. Följande kvalifikationer rekommenderas:

- MSc och doktorsexamen inom området tillämpad matematik, datavetenskap/informatik, (biomedicinsk) ingenjörskonst, (medicinsk) fysik eller jämförbar tillämpad/naturvetenskap
- Självständig, proaktiv, strukturerad och lösningsorienterad arbetsattityd, analytiskt tänkande, engagemang över genomsnittet och glädje av att arbeta i en internationell och samarbetsmiljö,
- Kunskap inom maskininlärning och djupinlärning, mest för vårddata
- Starka programmeringsfärdigheter, särskilt i python och relevanta djupinlärningsbibliotek (pytorch eller tensorflow )
- Erfarenhet av git och annan versionskontroll
- Bra publikationsresultat i relevanta tidskrifter (t.ex. mönsterigenkänning, medicinsk bildanalys, informationsfusion, artificiell intelligens inom medicin, IEEE-transaktioner inom medicinsk bildbehandling, kunskapsbaserade system, etc.)
- Erfarenhet och vilja av att arbeta i ett multidisciplinärt team, inkl. läkare och medicinska fysiker
- Stark vetenskaplig kommunikation och presentationsförmåga på engelska

Ansökan
Ansökan ska innehålla:

- En kort beskrivning av dina forskningsintressen och en motivering till varför du är intresserad av anställningen.
- CV
- Publikationslista
- Examensbevis från forskningsutbildning/ annan relevant examina
- Kontaktuppgifter till två referenspersoner

Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska göras via vårt e-rekryteringssystem senast den 18 november 2022.

Vi ser fram emot din ansökan! Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med drygt 36 000 studenter och 4 200 anställda.  Här finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden. Umeå universitet är också platsen för den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 – en revolution inom gentekniken som tilldelats Nobelpriset i kemi.

Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar.


Är du intresserad av att veta mer om Umeå universitet som arbetsplats läs mer på:https://umu.se/jobba-hos-oss/




Umeå Plant Science Center (UPSC) är en av Europas starkaste forskningsmiljöer för växtgrundforskning (https://www.

upsc.se/). Vårt gemensamma mål är att förstå växternas anpassningsförmåga och acklimatisering till en föränderlig omvärld.

Institutionen för fysiologisk botanik (https://www.umu.se/institutionen-for-fysiologisk-botanik), som utgör en av parterna i UPSC, söker en första forskningsingenjör som kommer att arbeta med bioinformatisk webbutveckling. Anställningen är på heltid i ett år med start den 15 september eller enligt överenskommelse.

Projektbeskrivning och arbetsuppgifter
Du kommer att arbeta i en gemensam forskningsmiljö vid Institutionen för fysiologisk botanik i samarbete med forskargrupper vid Vlaams Instituut voor Biotechnologie (VIB), Gent, Belgien samt ”Norway spruce and Scotspine genome project”. Arbetet innefattar utveckling av webbresursen PlantGenIE.org. Det kommer att finnas ett antal delmål i utvecklingen, bland annat integrering av sekvenseringsdata från hela populationer, data från genomtäckande associationsstudier (genome-wide association studies, GWAS), genuttrycksdata och genuttrycksnätverk, inklusive nya analys- och visualiseringsverktyg. Arbetet ska fokusera på att tillämpa principer från människa-datorinteraktion och designfilosofi för att förbättra användarvänligheten (UX) och användargränssnittet (UI) i PlantGenIE. I denna del av arbetet kommer du att använda dig av webbanalys och användarenkäter för att kunna ta välgrundade designbeslut.

Kvalifikationer
Doktorsexamen i bioinformatik, datavetenskap, människa-datorinteraktion eller motsvarande krävs.. Den sökande ska ha erfarenhet av arbete inom bioinformatik, webbdesign och människa-datorinteraktion. Erfarenhet av mjukvaruutveckling och/eller avancerad programmering i skriptspråk (till exempel Python) samt omfattande och dokumenterad erfarenhet av webbutveckling, inklusive användardriven gränssnittsdesign och tillämpning av webbanalysverktyg krävs också. Goda kunskaper i muntlig och skriftlig engelska är ett krav, liksom god samarbetsförmåga och förmåga att tänka kreativt, samarbeta i grupp och ta egna initiativ. 

Dokumenterad erfarenhet av utveckling av webbgränssnitt, databasdesign, arbete i UNIX-miljö och med datorkluster är meriterande. Erfarenhet av analys och visualisering av RNA-sekvenseringsdata och gennätverk är också meriterande.

Villkor
Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till ett år. Tillträde 15 september 2022 eller enligt överenskommelse.

Ansökan
Ansökan ska innehålla:

- Ett personligt brev där du beskriver dig själv, och dina tidigare relevanta forskningserfarenheter. Brevet ska innehålla länkar till dina tidigare arbeten inom webbutveckling, användargränssnitt och webbdesign som kan visa varför du är kvalificerad för anställningen.
- CV
- En publikationslista inklusive en länk till din doktorsavhandling.
- Styrkta kopior av betyg och examensbevis.
- Övriga handlingar du vill åberopa.

Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem. Ansök via knappen längst ner på sidan. Sista ansökningsdag är 15 juni 2022. 

Kontakt
Fo?r mer information, va?nligen kontakta universitetslektor Nathaniel Street, +46-(0)90-786 5473, [email protected]. 

Va?lkommen med din anso?kan! 

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med drygt 36 000 studenter och 4 200 anställda.  Här finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden. Umeå universitet är också platsen för den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 – en revolution inom gentekniken som tilldelats Nobelpriset i kemi.

Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar.


Är du intresserad av att veta mer om Umeå universitet som arbetsplats läs mer på:https://umu.se/jobba-hos-oss/




Institutionen för strålningsvetenskaper är forskningsmässigt en dynamisk och internationellt framgångsrik miljö inom diagnostisk radiologi, onkologi, kognitiv neurovetenskap, radiofysik och medicinsk teknik.

Institutionen tillhör den medicinska fakulteten vid Umeå universitet.

Institutionen för strålningsvetenskaper söker en förste forskningsingenjör. Anställningen är på heltid och tillsvidare med start 14 april 2022 eller enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter

Anställningen avser medverkan i register- och biobanksforskning, huvudsakligen molekylär epidemiologisk forskning, med fokus på kroniska, icke smittsamma sjukdomar, framförallt cancer. Arbetet omfattar bland annat databashantering, planering och utförande av bioinformatiska och avancerade statistiska analyser, sammanställning av resultat för redovisning i t.ex. vetenskapliga artiklar samt statistisk handledning och stöd till medarbetare och studenter. Även arbete med att koordinera bl.a. registerlänkningar och uttag och analys av biologiskt material kan förekomma.

Behörighet och andra kvalifikationer

Doktorsexamen och postdoktoral erfarenhet i statistik, epidemiologi, bioinformatik eller liknande. Den sökande måste ha avancerade kunskaper i och erfarenhet av biostatistik och bioinformatiska tillämpningar på stora dataset, inklusive så-kallade omics-data, och R/Bioconductor.  Mycket goda kunskaper i skriftlig och muntlig svenska och engelska är ett krav.

Erfarenhet från statistisk modellering (kontinuerliga och binära utfall) med stora mängder kovariater, upprepade mätningar och utvärdering av prediktiv precision är en stor fördel. Detsamma gäller erfarenhet av molekylär epidemiologisk forskning inom området kolorektalcancer och erfarenhet av de befolkningsbaserade kohorterna som tillsammans benämns Northern Sweden Health and Disease Study.

Ansökan

Din ansökan ska innehålla

- Personligt brev (max en A4-sida) där du beskriver din kompetens och motiverar ditt intresse för befattningen
- CV med examina
- Publikationslista
- Namn och kontaktuppgifter till två referenspersoner

Ansökan ska vara skriven på svenska eller engelska. Ansökan ska göras via vårt e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast 24 mars 2022


Upplysningar

Lämnas av Bethany van Guelpen, Institutionen för strålningsvetenskaper, Umeå universitet, mailto:[email protected]

Mer om oss

Mer information om Institutionen för strålningsvetenskaper finns att läsa på vår websida https://www.umu.se/institutionen-for-stralningsvetenskaper/

 

Välkommen med din ansökan!

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med drygt 36 000 studenter och 4 200 anställda.  Här finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden. Umeå universitet är också platsen för den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 – en revolution inom gentekniken som tilldelats Nobelpriset i kemi.

Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar.


Är du intresserad av att veta mer om Umeå universitet som arbetsplats läs mer på:https://umu.se/jobba-hos-oss/




Umeå Plant Science Centre (UPSC) är en av de starkaste forskningsmiljöerna för grundforskning i växtbiologi i Europa.

Forskningen vid UPSC omfattar ett brett spektrum av discipliner inom växtbiologi inklusive ekologi, beräkningsbiologi, genetik, fysiologi, biokemi, cellbiologi och molekylärbiologi (se www.upsc.se). Institutionen för fysiologisk botanik, som är en del av Umeå Plant Science Centre, utlyser en anställning som första forskningsingenjör på två år. Sista ansökningsdag är den 27 april 2022.

Beskrivning av arbetsuppgifter
Du kommer att vara en del av i Umeå Plant Science Center (UPSC) bioinformatik, där du kommer att tillhandahålla datavetenskaplig service och stöd till UPSC’s forskargrupper. Arbetsuppgifterna omfattar analys av High Throughput Sequencing (i huvudsak RNA-seq) data – det vill säga användning av vår pipeline för dataförbehandling, kvalitetskontroll, resultatframställning och presentation. I en del av dessa forskningsprojekt kommer du att i analysen bistå forskare med bioinformatikkompetens i högre utsträckning.  Du kommer att hjälpa biologer med att till exempel söka sekvenshomologer och att utföra fylogenetiska analyser. I arbetsuppgifterna ingår också att hålla sig uppdaterad med de senaste teknikerna inom programvaror och verktyg samt att utveckla pipelines för analys av NGS data, liknande vår RNA-Seq pipeline, till exempel för ChIP-Seq, sRNA-Seq, ncRNA-Seq eller metagenomik.

Kvalifikationer
Doktorsexamen inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller motsvarande krävs. Du är väl bekant med Unix/Linux och minst ett programmeringsspråk såsom Python, R, C eller C ++ . Mycket god kunskap i muntlig och skriftlig engelska är ett krav, samt mycket god förmåga att arbeta självständigt och organisera arbetet.

Erfarenhet av NGS teknik, särskilt single-cell RNA-Seq och metagenomik / metatranscriptomic samt kunskap om machine learning och statistik är meriterande. Det är även meriterande om du har tidigare erfarenhet av att arbeta i tvärvetenskapliga arbetsgrupper samt erfarenhet av att presentera resultat grafiskt och interaktivt, till exempel genom att använda så kallade ”shiny apps”.  

Villkor
Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till 2 år. Tillträde 16 maj 2022 eller enligt överenskommelse.

Ansökan
Ansökan skall innehålla (1) ett personligt brev (2) CV och (3) kopior på relevanta examen. Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem. Ansök via knappen längst ner på sidan. Sista ansökningsdag är 27 april 2022.

Kontakt
Vid frågor om anställningen, vänligen kontakta universitetslektor Nathaniel Street, [email protected] eller 090-786 54 73.

Välkommen med din ansökan!

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med drygt 36 000 studenter och 4 200 anställda.  Här finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden. Umeå universitet är också platsen för den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 – en revolution inom gentekniken som tilldelats Nobelpriset i kemi.

Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar.


Är du intresserad av att veta mer om Umeå universitet som arbetsplats läs mer på:https://umu.se/jobba-hos-oss/




Institutionen för strålningsvetenskaper utlyser en anställning som doktorand inom onkologi med syfte att identifiera miljöexponeringar som, om de inträffar under en graviditet, ökar risken att utveckla premenopausal bröstcancer.

Anställningstiden är fyra år och avser heltid med start sommaren/hösten 2022 eller enligt överenskommelse.

Anställningen syftar till en doktorsexamen och doktorandens huvuduppgift är att ägna sig åt egen forskarutbildning vilket innefattar deltagande i forskningsprojekt såväl som forskarutbildningskurser, journal clubs, seminarier etc.

Du som antas till utbildning på forskarnivå ingår i det fakultetsgemensamma forskarutbildningsprogrammet vid Medicinska fakulteten. Programmet omfattar 25 hp och erbjuds i två studietakter: 25 hp över 8 terminer (totalt 4 år) respektive över 12 terminer (totalt 6 år), med programstart varje höst- och vårtermin. Mer information om programmet går att finna på fakultetens hemsida för utbildning på forskarnivå (https://www.aurora.umu.se/organisation-och-styrning/organisation/fakultetssidor/medicinsk-fakultet/forskarutbildning/

Projektbeskrivning och arbetsuppgifter

Premenopausal bröstcancer utgör mer än 20 % av alla bröstcancerfall i Sverige och antalet är ökande. Bröstcancer som inträffar före menopaus uppvisar ofta en aggressiv fenotyp och upptäcks inte sällan i ett sent skede vilket kan göra den svårbehandlad. Identifiering av faktorer som ökar risken att utveckla premenopausal bröstcancer är därför av stor vikt för att minska antalet som drabbas varje år. 

Under graviditeten genomgår bröstvävnaden stora morfologiska förändringar och exponeringar som sker under denna period tros ha betydelse för risken att insjukna, men mer forskning behövs. 

Detta projekt är uppdelat i två delar där den första delen är en registerstudie fokuserad på luftföroreningar, buller och tillgång till gröna miljöer och den andra en fall-kontroll studie, där förekomst av miljöföroreningar mäts i blodprover från gravida. Alla kemiska analyser sker i samarbete med Jonathan Martin vid National Facility for Exposomics som är en del av Scilifelab. Som doktorand i projektet kommer du att ansvara för dataanalys och resultatbearbetning.

Behörighet och andra kvalifikationer

Grundläggande behörighet

För att vara behörig att bli antagen till utbildning på forskarnivå krävs att du har en examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller som på annat sätt inom eller utom landet har förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Särskild behörighet

Forskarutbildningsgruppen prövar i varje enskilt fall den sökandes reella kunskaper och ifall dessa anses motsvara de förkunskaper som krävs för att tillgodogöra sig forskarutbildningen kan sökanden antas. Ifall den sökande inte besitter sådana förkunskaper kan ytterligare utbildning föreskrivas. Därvid ska beaktas den sökandes tidigare utbildning och planerade forskningsprogram.

För studier inom området epidemiologiska studier av miljöfaktorer relaterade till premenopausal bröstcancerrisk, är det särskilt meriterade med en examen från civilingenjörsprogrammet i bioteknik, teknisk fysik industriell ekonomi, alt. masterexamen i folkhälsovetenskap eller motsvarande.

Nödvändiga språkkunskaper, såväl muntliga som skriftliga, i engelska krävs. Bedömning av dessa kunskaper görs genom att en tilltänkt doktorand presenterar sin forskningsplan på engelska inför institutionens forskarutbildningsgrupp.

Utöver detta krävs goda kunskaper i svenska språket (tal och skrift) då doktoranden förväntas självständigt kunna fylla i blanketter på svenska samt tillgodogöra sig information från, och aktivt kommunicera med, svenska registerhållare

Den sökande ska kunna arbeta självständigt, ha god analytisk och organisatorisk förmåga. Av stor vikt är att kunna samarbeta och interagera med andra medlemmar i forskargruppen och vid institutionen.

Meriterande för antagning är utbildning inom epidemiologi, statistik eller bioinformatik, erfarenhet av programmering i R och/eller Python, samt ett intresse för medicinsk forskning och vilja att fördjupa sig inom området cancerprevention.  

Ansökan

En fullständig ansökan ska bestå av:

- Ett personligt brev med en kort beskrivning av dina kvalifikationer, forskningsintressen och en motivering till din ansökan samt kontaktuppgifter (max 2 A4-sidor)
- Curriculum vitae (CV)
- Kopior av relevanta betyg, examensbevis, diplom och andra certifikat
- Kopior på din magister- eller masteruppsats samt eventuella publikationer där du varit författare eller medförfattare
- Kontaktuppgifter till minst två akademiska referenspersoner

Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska. Ansökan görs genom vårt e-rekryteringssystem Varbi. Logga in på systemet och ansök via knappen i slutet av denna sida. Sista ansökningsdag är 2022-05-15.

Löneinplacering sker enligt fastställd lönestege för doktorandanställning.

Övrig information

https://www.aurora.umu.se/organisation-och-styrning/organisation/fakultetssidor/medicinsk-fakultet/forskarutbildning/doktorandhandboken/

Välkommen med din ansökan!

 

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med drygt 36 000 studenter och 4 200 anställda.  Här finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden. Umeå universitet är också platsen för den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 – en revolution inom gentekniken som tilldelats Nobelpriset i kemi.

Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar.


Är du intresserad av att veta mer om Umeå universitet som arbetsplats läs mer på:https://umu.se/jobba-hos-oss/




Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap (Umeå universitet) erbjuder en anställning som forskningsingenjör inom ekosystemekologi med fokus på bioinformatik.

Anställningen är tillsvidare och förväntas starta  3 mars 2022 eller enligt överenskommelse. Sista ansökningsdag är 2022-02-13. Provanställning kan komma att tillämpas.

Projektbeskrivning
Ekosystem är komplexa och dynamiska system som påverkas av interaktioner mellan organismerna så väl som med miljön. Målet med detta projekt är att undersöka hur klimatförändringar och förändringar i markanvändning påverkar ekosystemen då det gäller sammansättning och diversitet. Detta kräver inte bara högupplösta data som täcker en stor del av den totala diversiteten, utan också långa tidsserier med frekvent provtagning.

Vår strategi är att använda ett unikt arkiv av luftfilter som samlats in veckovis på sex olika platser i Sverige sedan 1965. Vi har nu producerat ett stort dataset som beskriver veckovis biodiversitet i Kiruna (i den sub-arktiska regionen av Sverige) mellan åren 1974 och 2008. Genom DNA-sekvensering kan vi identifiera alla typer av organismer (växter, djur, svampar, bakterier och virus) från alla typer av habitat (mark, vatten och luft). Luftfiltren fångar även DNA från vertebrater tillsammans med parasiterna som lever i deras tarmsystem. Utöver dessa data, har vi sammanställt data över markanvändning och förändringar i väder/klimat i regionen över samma tidsperiod. Datat vi har genererat representerar ett av de största och mest heltäckande data över historisk biodiversitet i världen. Vi kan med hjälp av dessa data nu undersöka hur alla typer organismer i norra Sverige påverkas av förändringar i miljön.

Om anställningen
Projektet kommer att involvera analys av storskaliga sekvenseringsdata tillsammans med data över markanvändning och klimatförändringar i syftet att förstå hur olika organismer påverkas av mänsklig påverkan på miljön. Projektet kommer att innebära nära samarbete med ledande experter inom ekologi samt samverkan med svenska myndigheter och intresseorganisationer.

Arbetsuppgifterna kommer huvudsakligen att bestå av dataanalys i samverkan med andra forskare. En del av arbetsuppgiften kommer också att vara kommunikation och koordinering med andra forskargrupper, myndigheter och intresseorganisationer. Anställningen är tillsvidare.  Provanställning kan komma att tillämpas.

Kompetenskrav
Vi söker dig som är intresserad av ekosystemekologi, dataanalys och kommunikation med så väl forskare som med andra typer av intressenter. Du förväntas ha en masterutbildning inom bioteknik eller motsvarande samt flera års erfarenhet av arbete med genomik och storskalig sekvensanalys samt programmeringsvana och arbete i UNIX/Linux på beräkningskluster. Ett krav är också en god förmåga att kommunicera skriftligt och muntligt på både svenska och engelska. Vi söker dig som är kreativ och kan ta initiativ. Vi ser att du kan arbeta självständigt men samtidigt kan samarbeta inom en större forskningsgrupp och är relationsskapande i ditt arbete.

Meriterande erfarenheter inkluderar metagenomik, uppbyggande av referensdatabaser, k-merbaserad sekvensklassificering, ”read-mapping” och Pythonprogrammering. Urvalet kommer att baseras på ansökan och intervjuer.

Så här ansöker du
Du ansöker via vårt rekryteringssystem senast 2022-02-13. Ansökan ska bestå av följande handlingar skrivna på svenska:

- Kortfattad beskrivning (max 2 sidor) av varför du är intresserad av och lämpad för anställningen
- Curriculum vitae (CV)
- Kopia på examensbevis
- En lista på dina universitetskurser, med betyg
- Kopior på eventuella publikationer/examensarbete
Kontakt
Vid frågor rörande anställningen var vänlig kontakta universitetslektor Per Stenberg: [email protected]

Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap (EMG) bedriver forskning och forskarutbildning inom ämnena ekologi, miljövetenskap och naturgeografi. Institutionen har ca 150 medarbetare. För mer information, se www.emg.umu.se.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Region Västerbotten arbetar för att god hälsa och hållbar utveckling ska stärka varandra. Vi tar ansvar för en jämlik välfärd och för att forskning och innovation ger resultat.

Laboratoriemedicin är en länsorganisation med verksamhet i Lycksele, Skellefteå och Umeå. Via avtal har vi totalansvar för klinisk patologi i Östersund samt där även medicinskt ledningsansvar för immunologi och transfusionsmedicin, klinisk kemi och klinisk mikrobiologi. Laboratoriemedicin Västerbotten omfattar cirka 500 anställda inom klinisk genetik, klinisk immunologi och transfusionsmedicin, klinisk kemi, klinisk mikrobiologi och klinisk patologi. Även biobank, vårdhygien och vävnadsinrättning ingår i Laboratoriemedicin. Verksamheten är ackrediterad.

Storskalig sekvensering tillsammans med andra nya molekylära tekniker gör snabbt insteg i klinisk verksamhet och forskning. De etableras som viktiga verktyg inom flera laboratoriemedicinska specialiteter varför vi vid laboratoriemedicin arbetar övergripande med implementering av dessa tekniker inom en satsning på en gemensam molekylärgenetiks plattform för forskning, utvecklingsarbete samt implementering av klinisk diagnostik. Den molekylärgenetisk plattformen är en del av Genomic Medicine Center norr (GMC Norr) och samverkar med Clinical Genomics Umeå, vid Umeå universitet. Den tekniska utvecklingen går snabbt med både nya tekniker och frågeställningar som ska implementeras i klinisk molekylärgenetisk diagnostik och ställer ökade krav på bioinformatisk metodik och kompetens.

Vi söker dig som vill applicera bioinformatiska färdigheter på kliniskt meningsfulla frågor och vara en aktiv kraft i utvecklingen av den gemensamma molekylärgenetiska plattformen vid laboratoriemedicin. Anställningen är placerad inom Laboratoriemedicin, Norrlands Universitetssjukhus.


ARBETSUPPGIFTER
Som bioinformatiker förväntas du arbeta med storskaliga sekvensdata (Next Generation Sequencing, NGS), long read sekvensering och andra molekylärgenetisk tekniker för identifiering av genetisk variation och analys av genexpressions inom forskning, utvecklingsarbete och klinik. Du kommer att arbeta i ett kliniskt diagnostiskt team bestående av bioinformatiker, biomedicinare, molekylärbiologer, läkare, sjukhusgenetiker och biomedicinska analytiker. Arbetet innebär även ett nära samarbete med forskargrupper, GMC Norr, Clinical Genomics Umeå (Umeå universitet) och institutionen för medicinsk biovetenskap, Umeå universitet. Både i den kliniska- och forskningsmiljön finns god kompetens inom bioinformatik, molekylärbiologi, mikrobiologi, humangenetik och klinisk diagnostik. Dina huvudsakliga arbetsuppgifter är att skapa och utveckla bioinformatiska flöden, utveckla bioinformatiska verktyg, analysera olika typer av rådata och fungera som en kompetensresurs. En viktig uppgift för teamet vid den gemensam molekylärgenetiska plattformen som är högaktuell är utveckling och implementering av molekylärgenetisk mikrobiell diagnostik. Andra aktuella uppgifter är fortsatt utveckling och implementering av molekylärgenetiska analyser vid cancer och vid utredning av misstänkt medfödd genetisk sjukdom inklusive helexom- och helgenomanalyser.

KVALIFIKATIONER
Doktorsexamen i molekylär epidemiologi, medicinsk genetik, bioinformatik, biostatistik eller liknande är ett krav. Gedigna kunskaper i statistik samt dokumenterad erfarenhet av storskalig sekvensanalys är också ett krav. Goda programmeringskunskaper i Python och vana att använda versionshanteringssystem (som Git) är önskvärt, likaså erfarenhet av att arbeta i Linuxmiljö och systemadministration. Önskvärt är även erfarenhet av arbete med olika typer av sekvensdata (Illumina, Nanopore, PacBio) samt arbete med både humana och mikrobiella sekvensdata samt programmeringskunskaper i R. Önskvärt är även erfarenhet av att utföra analyser på datakluster (t.ex. UPPMAX), erfarenhet av att använda analyshanteringsverktyg såsom Snakemake och Nextflow samt förståelse för och erfarenhet av att hantera säkerhetsaspekter som rör patientdata och genetisk information.

Stor vikt läggs vid personliga egenskaper såsom kommunikativ och pedagogisk förmåga. Vi söker dig som har ett stort driv att arbeta självständigt och samtidigt god förmåga att bidra i ett team. Vi ser gärna att du bedriver egen forskning. Med anledning av den snabba utvecklingen i fältet vill vi att du som sökande lämnar kontaktuppgifter till en eller gärna flera referenspersoner som kan styrka åberopade meriter.


ÖVRIGT
Läs mer om våra förmåner för dig som jobbar med oss på webbsidan
https://www.regionvasterbotten.se/nar-du-jobbar-hos-oss/att-vara-medarbetare

Vi strävar efter en jämn könsfördelning och ser mångfald som en styrka och välkomnar därför sökande med olika bakgrund.

Inför rekryteringsarbetet har vi tagit ställning till rekryteringskanaler och marknadsföring. Vi undanbeder oss därför bestämt kontakt med mediesäljare, rekryteringssajter och liknande.

Vi använder e-rekrytering för att effektivisera och kvalitetssäkra rekryteringsarbetet. Alla dina uppgifter sparas på ditt CV-konto och du kan enkelt logga in och uppdatera dina uppgifter när du vill. Fyll därför i dina uppgifter så omsorgsfullt som möjligt för att ge en rättvisande bild av dig själv. Visa mindre

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med drygt 34 000 studenter och 4 000 anställda.  Här finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden. Umeå universitet är också platsen för den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 – en revolution inom gentekniken som tilldelats Nobelpriset i kemi.



Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar.




En anställning som Förste Forskningsingenjör utannonseras härmed vid Institutionen för fysiologisk botanik, Umeå Plant Science Centre (www.

upsc.se); en stimulerande forskningsmiljö vid Umeå universitet. Vi söker en motiverad första forskningsingenjör som ska forska inom projektet ”Kartläggning av växters stressrespons” som är ett större tvärvetenskapligt 5-årigt projekt finansierat av Stiftelsen för Strategisk forskning. Anställningen är på heltid och tidsbegränsad till 11 månader. Tillträde 15 februari 2021 eller enligt överenskommelse. Sista ansökningsdag är 2021-01-11.

Projektbeskrivning
Mediatorn är ett evolutionärt bevarat multiproteinkomplex som är essentiellt för transkriptionell reglering. Mediatorn integrerar externa signaler från olika receptorer, genom att överföra signaler från promotorbundna transkriptionsfaktorer till RNA-polymeras II (Pol II).  Mediatorn har en mycket viktig roll för växters tillväxt och utveckling samt acklimatisering till stress då Mediatorn styr reglering av genuttryck. Flera aspekter av Mediatorns funktion är dock fortfarande okända, vi har tydliga indikationer från preliminära analyser av cdk- mutanten att stomatafunktionen är påverkad. Våra preliminära resultat tyder därmed på att CDKE och kinasmodulen av Mediator är viktig för korrekt bladutveckling samt anläggning av stomataceller. Första forskningsingenjören kommer att undersöka förmågan hos cdkE mutanten att hantera torka på cell- och molekylärnivå. Vår förhoppning är att identifiera kritiska komponenter som utgör en begränsning för växters CO2-upptag och vattenbalans.

Arbetsuppgifter
Arbetsuppgifterna innefattar arbete med  att undersöka om det finns skillnader mellan cdkE-mutanten och vildtyp då det gäller fotosyntesens känslighet för torka och bestämma fotosyntesaktiviteten genom att mäta elektrontransport och CO2-upptag med hjälp av utrustning för klorofyllfluorescens och infraröd gasanalys. Utvecklingen av bladets stomataceller hos cdkE-mutanten skall bestämmas med hjälp av mikroskopi och analys av gener involverade i uppbyggnaden av bladets stomata.

Kvalifikationer
Du har doktorsexamen i växtfysiologi eller motsvarande. Det krävs att du  har omfattande dokumenterad laboratorieerfarenhet av fysiologiska, molekylära och biokemiska metoder. Erfarenhet av växter som modellsystem samt studier av protein-protein interaktioner är ett krav. Förmåga att arbeae självständigt såväl som i grupp, samt mycket goda kunskaper i det engelska språket är ett krav.

Du ska ha arbetat med utrustning för klorofyllfluorescens och infraröd gasanalys. Vidare krävs att du är bekant med metoder för mikroskopi samt analys av RNAseq-data.

Ansökan
Ansökan skall innehålla:

- Personligt brev som beskriver dina forskningserfarenheter och forskningsintresse (max 2 sidor)
- CV med full publikationslista
- Kopior på relevanta examen
- Kopia av avhandlingen samt relevanta publikationer
- Kontaktinformation till två referenspersoner

Du skickar in din ansökan via rekryteringssystemet Varbi. Sista ansökningsdag är 2021-01-11.

Kontakt
Vid frågor om anställningen vänligen kontakta Professor Åsa Strand vid Institutionen för fysiologisk botanik: [email protected]

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Fler än 4 100 medarbetare och 34 000 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.




Institutionen för strålningsvetenskaper är forskningsmässigt en dynamisk och internationellt framgångsrik miljö inom diagnostisk radiologi, onkologi, kognitiv neurovetenskap, radiofysik och medicinsk teknik.

Institutionen tillhör den medicinska fakulteten vid Umeå universitet

Institutionen för strålningsvetenskaper söker en doktorand inom onkologi med inriktning mot bioinformatiska analyser av hjärntumörer. Anställningstiden är fyra år och avser heltid med start 1 oktober eller enligt överenskommelse.

Projektbeskrivning och arbetsuppgifter

Anledningen till att en hjärntumör uppkommer är i de flesta fall okänd. Vetenskapliga studier har visat att faktorer i en persons arvsanlag kan ge en viss ökad eller minskad risk att utveckla en hjärntumör. Projektet syftar dels till att undersöka medfödda genetiska faktorer som ökar risken för att utveckla en hjärntumör och dels till att undersöka olika faktorer i tumörvävnad från patienter och cellinjer, till exempel genetiska och epigenetiska förändingar, genuttryck och metabolitnivåer. Du kommer att hantera och bearbeta stora mängder biologiska data, t.ex. sekvenseringsdata, genotypdata och data från olika omics-tekniker och integrera olika datatyper i sammansatta statistiska analyser. Du kommer att undersöka specifika frågeställningar med etablerade metoder och till viss del även utveckla befintliga metoder. Projektet och den forskargrupp som du kommer att ingå i har som huvudsakligt mål att få en bättre förståelse varför en hjärntumör uppkommer.

Behörighet och andra kvalifikationer

De grundläggande behörighetskraven för att bli antagen till utbildning på forskarnivå är avlagd examen, med avklarade kurser på minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller motsvarande kvalifikationer som förvärvats på annat sätt i Sverige eller utomlands.

För att uppfylla kravet på särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i medicinsk vetenskap med inriktning mot onkologi krävs nödvändiga kunskaper från högskoleutbildning eller motsvarande utbildning

Nödvändiga språkkunskaper, såväl muntliga som skriftliga, i engelska krävs. Bedömning av dessa kunskaper görs genom att en tilltänkt doktorand presenterar sin forskningsplan på engelska inför institutionens forskarutbildningsgrupp.

Du ska kunna arbeta självständigt, ha god analytisk och organisatorisk förmåga. Av stor vikt är att kunna samarbeta och interagera med andra medlemmar i forskargruppen och vid institutionen.

Meriterande för antagning är god erfarenhet av programmering i R och/eller Python, erfarenhet av human genomiska sekvensdata (RNA och DNA), variant-calling (strukturella- och små varianter), variantdatabaser och variant-filtreringsstrategier, erfarenhet av databashantering, erfarenhet av arbete i Unixmiljö och arbete vid centrala beräkningskluster samt att kunna sätta upp nya bioinformatiska pipelines för datahantering och analyser. Det är särskilt meriterade om du har grundläggande teoretiska kunskaper i bioteknik med inriktning mot bioinformatik, eller motsvarande.

Mer information om gruppens forskning finns att läsa på: https://www.umu.se/forskning/grupper/beatrice-melin/

Villkor för anställningen

Anställningen syftar till en doktorsexamen och doktorandens huvuduppgift är att ägna sig åt egen forskarutbildning vilket innefattar deltagande i forskningsprojekt såväl som i forskarutbildningskurser, seminarier och journal clubs etc.

Ansökan

Ansökan ska innehålla:

- Ett personligt brev med motivering till varför du söker och varför du är lämpad för forskarutbildningsplatsen
- CV
- Styrkta kopior av examensbevis, betyg och intyg
- Kopia på examensarbete
- Eventuell publikationslista
- Kontaktinformation till två referenspersoner

Ansökan ska vara skriven på svenska eller engelska. Ansökan ska göras via vårt e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast 2020-08-14.

Löneplacering

Lön i enlighet med fastställd lönestege för doktorandbefattningar.

Övrig information

Närmare upplysningar om anställningen lämnas av Beatrice Melin, mailto:[email protected]

https://www.aurora.umu.se/enheter/medfak/forskarutbildning/doktorandhandboken/

Mer om oss

Mer information om Institutionen för strålningsvetenskaper finns att läsa på vår websida: https://www.umu.se/institutionen-for-stralningsvetenskaper/

 

Välkommen med din ansökan!

 





Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Fler än 4 300 medarbetare och 33 000 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.




Institutionen för strålningsvetenskaper, onkologi, söker en bioinformatiker/projektassistent för studier av orsaker och uppkomst av hjärntumörer.

Anställningstiden är 6 mån och avser heltid. Sista ansökningsdag är 2020-03-04.

Projektbeskrivning

Forskargruppen har ett brett translationellt samarbete och en kreativ miljö. Forskningen inom gruppen är huvudsakligen inriktad mot uppkomst och ärftlighet hos primärt hjärntumörer (gliom), men även andra tumörsjukdomar studeras. En stor del av forskningen sker på biobanksprover, d.v.s. humana biologiska prover som frusits in före, vid eller efter en cancerdiagnos. Med hjälp av lämpliga analysmetoder karaktäriseras de biologiska proverna med avseende på t.ex. metabolitkomposition (metabolomics), ärftliga genetiska varianter (DNA-genotypning/sekvensering), eller mRNA-uttrycksnivåer (RNA-sekvensering). Inom forskargruppen finns redan stora mängder data och nya prover analyseras kontinuerligt.

Arbetsuppgifter

Du kommer arbeta tillsammans med andra bioinformatiker/data scientists, forskare och statistiker, med att tillämpa befintliga verktyg för datahantering, bearbetning och analys för att besvara biologiskt relevanta frågeställningar. Din roll i projektet blir främst analys av RNA-sekvensdata från humana cellinjer som modifierats med CRISPR-Cas9 i syfte att utröna funktionen av en icke-kodande genetisk variant som upprepade studier visat kopplar med ökad risk för gliom. Data från RNA-sekvensering ska behandlas med gängse metoder, variationen ska kartläggas och kopplingar till bakomliggande biologi analyseras. Vidare ska data läggas ihop i en multiblock-analys med metabolomics-data från samma cellinjer.

Kompetenskrav

För att vara behörig att söka ska du ha civilingenjörsexamen i Bioteknik, med inriktning mot bioinformatik eller inom liknande område som arbetsgivaren bedömer som motsvarande. Sökande ska ha erfarenhet av hantering av humana data från next generation sequencing (NGS), arbete i Unix-miljö, samt goda programmeringskunskaper (Python och/eller R). Goda kunskaper i svenska och engelska språket.

Meriterande

Det är meriterade om du har erfarenhet från databashantering för behandling och annotering av humangenetiska data. Även erfarenhet från utveckling av verktyg för NGS-datahantering är meriterande. Generellt är erfarenhet från; (i) dataanalys på nationella beräkningskluster (Uppmax), (ii) arbetsflödesverktyg (SnakeMake, Nextflow, eller liknande), samt (iii) datamodellering med statistiska/kemometriska metoder också meriterande.

Ansökan

Din ansökan ska innehålla

- CV med examina, teknisk expertis och utbildning
- Ett personligt brev
- Namn och kontaktinformation till minst två referenspersoner

Upplysningar

Närmare upplysningar lämnas av professor Beatrice Melin MD, mailto:[email protected], Carl Wibom, mailto:[email protected] eller Anna Dahlin, mailto:[email protected].

 

Ansökan ska göras via vårt e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast 2020-03-04.

Välkommen med din ansökan!



Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre

Umeå universitet satsar på kreativa miljöer för studier och arbete. Hos oss finns attraktiva utbildningar, världsledande forskning och utmärkta innovations- och samverkansmöjligheter. Fler än 4 300 medarbetare och 33 000 studenter har redan valt Umeå universitet. Välj oss du också.




Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap, EMG (Umeå universitet) söker en postdoktor till ett projekt som fokuserar på analys av tidserier av shotgun-baserade metagenomikdata med målet att förstå klimatets inverkan på boreala träd.

Sista ansökningsdag är 31 oktober 2019.

Projektbeskrivning och arbetsuppgifter
Många av nyckelarterna bland de boreala träden, som tall och gran, använder uteslutande sexuell reproduktion för sin fortplantning. Förändringar i klimatet förväntas påverka fenologin och utbredningen av boreala träd och vi behöver bättre förstå till exempel hur blomning och genflöde berörs.

Projektet har tillgång till ett unikt arkiv av luftfilter som representerar en obruten 40 år lång tidserie av veckovisa prover insamlade i norra Sverige och genetiska diversitetsdata för både tall och gran över hela deras utbredningsområde. Tillsammans med publika genetiska data såväl som väder- och markanvändningsdata, kommer detta projekt att söka svar på frågor som:

- Har de boreala trädens reproduktion påverkats av förändringar i klimatet?
- I vilken utsträckning har klimatförändringarna påverkat regelbundenheten i trädens blomningstid och proportionen av träd som är involverade i reproduktionen?
- Hur vanligt är det att pollen sprids över långa avstånd och har detta förändrats med tiden?
- Har den genetiska diversiteten hos de träd som bidrar till reproduktionen förändrats över de senaste 40 åren ?

Forskningen kommer framför allt att inkludera modellering och analys av sekvenseringsdata. Analysen kommer främst bestå av identifiering av genetiska varianter i luftfilterdatat (~400 prover shotgun-sekvenserade till ett djup av 200-800 miljoner 150 bp PE reads). Det kommer också att finnas frihet att bidra till andra pågående projekt, och att utveckla egna projekt som är anpassade till gruppens intressen.

Anställningen avser heltid i två år. Tillträde i slutet av 2019 eller början av 2020.

Kvalifikationer
Doktorsexamen i bioinformatik, genetik, ekologi eller inom ett liknande fält är ett krav. Vi letar efter motiverade kandidater med en bred erfarenhet av genomik och sekvensdataanalys samt erfarenhet av programmering och arbete i Linuxmiljö. För att vara behörig får doktorsexamen inte vara avlagd för mer än tre (3) år sedan när ansökningstiden löpt ut om inte särskilda skäl föreligger. God samarbetsförmåga liksom goda skriftliga och muntliga kunskaper i engelska är ett krav.

Erfarenhet av storskalig analys av sekvensdata är meriterande, så även kunskap om fylogenetiska analyser, statistik, populationsgenetik och olika typer av datamodellering.

Ansökan
En fullständig ansökan ska innehålla:

- Ett personligt brev som innehåller en beskrivning av varför du är intresserad av detta projekt och hur din bakgrund matchar projektet (max två sidor).
- CV inklusive publikationslista.
- Kopior på doktorsavhandlingen samt relevanta publikationer (max fem).
- En kopia av ditt doktorsexamensbevis samt andra relevanta examensbevis.
- Namn och kontaktuppgifter på tre referenspersoner (e-post och telefon).
- Övriga handlingar du vill åberopa.

Ansökan ska vara skriven på engelska (företrädesvis) eller svenska. Ansökan görs genom vårt elektroniska rekryteringssystem. Sista ansökningsdag är 31 oktober 2019.

Kontakt
För ytterligare information kontakta Dr. Per Stenberg ([email protected]), Dr. Johanna Leppälä ([email protected]) eller Prof. Xiao-Ru Wang ([email protected]).

För mer information om vår forskning, besök gärna: https://www.umu.se/en/research/groups/evolutionary-biology/

Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap (www.emg.umu.se) bedriver forskning och forskarutbildning inom ekologi, miljövetenskap och naturgeografi. Institutionen har ca 150 anställda, cirka 15 av dem är postdoktorer.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser. Visa mindre